宁波JUE对定量数字PCR简介
要了解为什么传统PCR存在限制,务必要了解PCR反应过程中发生了什么。基本PCR运行可以分为三个阶段:指数期每个循环积聚的产物准确加倍(假定**反应效率)。该反应具有高度特异性和精确度。出现指数式扩增,因为所有试剂均新鲜可用,反应的动力学推动反应有利于扩增子加倍。线性期(高变异性)随着反应继续,一些试剂因扩增而被消耗。反应开始减缓,并且每个循环的PCR产物不再加倍。平台期(终点:使用传统方法进行凝胶检测)反应停止,不再产生更多产物,并且如果放置时间够长,PCR产物将开始降解。因为每个样品具有不同的反应动力学,所以每支试管或每个反应将在不同的时间点进入平台期。在平台期可以看到这些差异。在平台期内,传统PCR进行测量,又称为终点检测。理论上可覆盖qPCR(荧光定量PCR)的所有应用。宁波JUE对定量数字PCR简介
无创产前检查镰状细胞贫血(sicklecellanemia)是HBB基因突变引起的常染色体显性遗传病,有严重的危害,可以导致高达5%的胎儿死亡率及4.62%的孕妇死亡率 。而精细有效的无创产前诊断是预防镰状细胞贫血患儿出生的有效方法。研究人员采用dPCR技术检测孕妇胎儿游离DNA(cff-DNA)HBB基因突变。结果显示,dPCR技术能够确定87%的男性胎儿(n=45)和75%的女性胎儿(n=20)HBB基因的突变状态。当cff-DNA浓度大于7%时,可以**的检测出HBB基因突变[3],可以说是相当厉害了。宁波JUE对定量数字PCR简介液体活检:早筛、用药、监测、复发。
MicroDrop-100微滴式数字PCR应用范围如下:a.动植物检验检疫,动物源性分析、极微量病原菌检测定量分析、转基因产品检测;b.降低筛查成本、缩短检测周期,适用于T13\T18\T21三体综合征等遗传病的风险评估;适用于zhong瘤早期筛查、分子分型、靶向用药和疗效监测等;适用于传染性疾病的早期诊断和诊疗指导;c.可用于DNA甲基化的检测、CRISPR-Cas9基因编辑效率检测等。d.基因表达差异监测单细胞研究:测序、PCRe.无创产前筛查:低成本、快速、传染性疾病:HBV、HIV、COVID-19定量
目前数字PCR技术在临床领域已经有着非常***且***地应用,例如在病原微生物检测中的应用:HBV检测、HIV检测、甲型流感病毒检测等;在产前诊断中的应用:13/18/21号染色体三倍体检测、遗传性耳聋检测、地中海贫血检测及优生五项的病毒检测等;在**靶向***相关基因检测中的应用:肺*EGFR基因突变、ALK基因融合检测、结直肠*KRAS、BRAF基因突变检测、乳腺*HER2基因 扩增检测、神经胶质瘤IDH基因突变检测等。以**靶向***相关基因检测为例,在**形成的超早期,会出现**细胞的坏死和凋亡,这些凋亡或坏死的**细胞会释放其DNA进入外周血,因此通过分析循环血液中是否含有**特异的游离DNA就可以达到**早期筛查的目的。然而此时DNA含量极低,对检测的灵敏度和精确性要求极高,目前只有数字PCR技术可以检测出来。另外进行个体化***时,需要对基因组样本进行分析,此时利用数字PCR技术也能**提高结果的可信性,进而建立合理***方案。检测数量一次可达96个样品。
MicroDrop-100微滴式数字PCR是具有国内自主知识产权的第三代JUE对定量PCR系统,整套系统由MicroDrop-100A微滴生成仪、MicroDrop-100B微滴检测仪以及结果数据分析设备等构成。系统通过自主设计的微流控芯片,利用油水相不兼容的原理,在2分钟时间内将PCR体系分割成100,000油包水的体系,每个体系为 的PCR反应体系,体积约为0.2nL,单次实验一次可生成8个样本的油包水体系。由于油包水体系的分割效应,使得数字PCR受PCRYi制物的影响相对较小,有利于复杂环境样本的实验操作。区别于荧光定量PCR的过程性判读方法,数字PCR结果判读为终点法,故其对PCR扩增效率的依赖也相对较小。准确的定量结果和优异的重复性。宁波JUE对定量数字PCR简介
CRISPR-Cas9基因编辑结果验证。宁波JUE对定量数字PCR简介
二代测序辅助建库目前靶向测序建库方法包括扩增子方法,在均相溶液中,当扩增引物增加时,由于扩增引物之间的相互作用,从而影响扩增的效率;如果将其分散到大量微液滴中扩增,将可降低引物间相互作用,提高扩增效率。同时还可以实现对于少量模板的有效扩增,得到更多的有效测序数据。CRISPR-Cas9基因编辑结果验证CRISPR-Cas9技术的发明,是基因编辑技术的一大突破,但如何验证实验是否成功,仍需要高灵敏度的检测方法,数字PCR技术可以满足这一需求。Broad研究所张锋团队发明了以CRISPR为基础的SHERLOCK技术可以对核酸进行高灵敏度的定性检测,但精确定量评估时仍采取了数字PCR进行确认。宁波JUE对定量数字PCR简介
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