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小欧从2018年即开始关注酵母杂交与高通量测序相结合的技术发展，如2017年CaoGang老师等发表的RLL-Y2H技术，实现了文库筛文库可能，该技术通过对酵母双杂常用载体的改造，并结合高通量测序，可直接获得AD-BD互作蛋白对。所用方法相当巧妙，感兴趣的同学请点击《当酵母双杂交遇到高通量测序》。钮老师团队之前的研究已经鉴定了DAL1作为一种保守的针叶树年龄生物标记基因，在油松从营养生长到生殖生长的时相转变过程中起重要作用。为了进一步理解年龄效应如何驱动针叶树的发育，阐明与DAL1相关的蛋白互作网络很关键。钮老师团队利用传统的Y2H筛选技术结合NGS测序技术，优化得到了Y2H-seq技术，与传统的筛选测序相比，大幅度节省了时间和实验成本。传统酵母杂交技术应用已经30多年，技术已经成熟稳定。陕西宣传酵母文库

酵母单杂交筛选：（4）在筛选到的转录因子中，***GL1促进HIV-2转录。***GL1在免疫细胞中***表达，并与HIV的其他转录***因子，即Sp1、AP-1和PCAF/CBP/P300存在相互作用，本研究中显示HEK293T细胞中，***GL1过表达后，与LTR连接的萤火素酶表达上升近2倍，说明***GL1是一个转录***因子。值得一提的是，文章的背景介绍内容中，对应用其他技术（如RNAi、scRNA-seq、CRISPR等）对HIV转录调控方向的已有成果分析，发现这些方法为HIV-1的复制和潜伏期提供了见解，但并没有直接评估转录因子的结合和功能。文章中也对酵母单杂交技术与其他互作组技术（如Chip-seq、motif预测）进行了比较分析，发现eY1H技术对已识别因子的验证率为30-60%，同等或优于其他技术。重庆什么是酵母文库做什么酵母文库和测序建库是什么？。

酵母双杂交技术，自创建以来被广泛应用于蛋白互作研究领域，在生命科学的基础探秘研究中起着重要作用。然而该技术设计初衷，*是斯坦利先生为了完成申请学校经费的目的。该技术设计巧妙，它的许多优点在设计之初并未显现，反而在这么多年的高频使用和进一步开发利用过程中越发明显。（引用自MarcVidal&StanleyFields的“Theyeasttwo-hybridassay：stillfindingconnectionsafter25years”）:(1）尽管酵母杂交技术揭示了蛋白质结合位点的详细信息，但操作简单。只需2个质粒+1个菌株即可完成，且有不同体系方便选择。（2）该技术利用比较好的DNA结合位点，有效的***结构域和友好的报告基因系统，可以放大弱互作的信号。（3）该技术可用于各种物种的蛋白互作检测，具有物种普适性，尤其是人类蛋白。（4）衍生技术具有更***的应用，可扩展到检测蛋白质与DNA、蛋白质与RNA、蛋白质与小分子以及其他组合之间的相互作用，甚至可实现将生理相互作用与表型数据直接关联。当然，做过酵母杂交实验的小伙伴应该都了解，互作结果的判断，往往要等酵母生长好几天才能看出来（当然，小欧认为这在伟大的科研事业过程中算不上啥），互作强弱也是主观判断性较强，存在假阳性。

目前，欧易生物负责该水稻转录因子文库的维护和保存工作，并对广大水稻科研工作者提供转录因子筛选服务。如去年欧易生物助力中国科学院分子植物科学***创新中心的王二涛老师应用该文库对水稻-丛枝菌根进行了深入研究，成功构建了水稻-丛枝菌转录调控网络，结果发表于《Cell》封面。截至文章发表，该文库已收录了1683个水稻转录因子，隶属于54个家族，覆盖预测的水稻转录因子总量的70%。文库中水稻转录因子的a基因信息来源于PlantTFDB和KOME数据库。文库载体使用pGADT7，酵母菌株使用Y187，每一个转录因子菌株**保存于96孔板中。酵母双杂实验过程中如何选择核体系或者膜体系? 。

通过传统的酵母双杂交系统，以PtDAL1为诱饵，筛选样本来源于不同年龄段的油松cDNA文库。将获得的阳性克隆，10个一组，挑选到1个96孔板的PCR板孔中，获得10*96个阳性克隆的96孔板。以其中阳性克隆mix为模板，进行PCR扩增，并将所有的PCR产物进行纯化。使用纯化后的PCR产物，进行打断后构建二代测序文库，通过NGS测序，获得6G的阳性克隆数据。通过分析二代测序数据，获得阳性克隆基因信息（去冗余后获得135个互作子，包含21个TFs，2个TRs及酶类、热激蛋白、RNA结合等蛋白，部分见表1）。挑选重要的候选基因进行一对一验证（图2）。与拟南芥中同源基因AGL6的蛋白互作网络进行比对分析。对DAL1互作蛋白（DIPs）的基因表达谱、启动子中的顺势作用元件功能进行分析，并对DIPs进行GO注释（图3）。综合生信分析结果，构建针叶树老化途径的调控模型（图4）。文章中酵母文库实验由欧易生物完成。重庆什么是酵母文库做什么

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酵母双杂交、pulldown和BiFC实验均显示，MdTRB1可以通过其C末端与JAZ1蛋白互作。在苹果叶片和愈伤组织中过表达MdJAZ1，花青素和原花青素的累积受到明显抑制。在苹果叶片和愈伤组织***表达MdJAZ1/MdJAZ1，结果显示过表达MdJAZ1抑制了MdTRB1对花青素和原花青素累积的促进作用。Pull down 实验和荧光素酶互补成像实验结果表明，在 MdJAZ1 存在下，MdTRB1 与 MdMYB9 的结合减弱（图 a-c）；外源施加 JA 可以部分恢复 MdTRB1 与 MdMYB9 的结合。对于 MdTRB1 在 JA 介导的花青素和原花青素积累中的作用机制，本研究建立了一个新的模型：MdTRB1 通过与 MdMYB9 互作，增强了 MdMYB9 对下游基因的转录***活性，进而正向调节了 JA 介导的花青素和原花青素累积。在 JA 缺乏的条件下，MdJAZ1 与 MdTRB1 互作，干扰了 MdTRB1 与 MdMYB9 之间的结合；在 JA 存在的条件下，MdJAZ1 被降解，MdTRB1 被释放出来以参与后续过程。陕西宣传酵母文库

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