深圳BD VDJ单细胞实验服务

时间:2022年07月21日 来源:

根据烈冰多年单细胞测序服务经验,为什么不建议您一味的追求高细胞数量的捕获:单细胞测序所有的分析都是基于细胞聚类进行,而细胞聚类是在区分cell和non-cell后,获得细胞基因表达谱,通过降维(pca),无监督聚类以及可视化(t-SNE)得到的。进行细胞聚类时需要考虑到每个细胞的基因表达模式,因此即使是相同的数据,在剔除几个细胞的情况下,前后获得的聚类图也会出现明显不同。而当细胞捕获数过多时,无论是假阴性和假阳性数据还是多细胞数据,都会对正常细胞聚类产生影响,造成聚类结果失真。这也是很多文章,特别是很多高分文章,为什么单个样本捕获细胞数在2000-3000的原因了。烈冰建议单个样本捕获细胞数在3000-5000个时,数据量在100G左右时,可以满足分析和文章发表的多重需求。2019年,烈冰已助力发表了采用BD Rahpsody平台的单细胞风湿类文章。深圳BD VDJ单细胞实验服务

细胞计数和活力评估在评估样本质量时,需要在细胞清洗和过滤之后测定细胞活力,这一点至关重要。测定细胞活力有许多种方法,烈冰多年单细胞测序经验发现台盼蓝法在鉴定活细胞与死细胞的比例时效果很好。细胞计数的准确性以及目标回收量和实际回收量之间的一致性,取决于我们了解样本中有多少个细胞。一旦过滤和清洗完成,可采用细胞计数设备(如血球计数器或自动细胞计数仪)进行定量。这些设备不但能提供准确的细胞计数,还能计算出向微流体芯片上样适量细胞所需的细胞悬液体积。武汉single cell RNA单细胞测序高通量测序技术是对传统测序一次突破性的改变,一次对几十万到几百万条核酸序列进行测定。

相对于Smart-Seq技术在细胞数量上的问题,BD平台普遍提供的细胞数量都在1000-10000不等的测序细胞量,特殊研究需求的项目,可提供上限40000个细胞的捕获量(单个样本)。这个量级的测序细胞量已经可以说能够完全覆盖绝大部分组织的Single Cell群体类型。因此,对于基于基因表达进行准确细胞分型上,无论是从细胞数量上来说还是表达检测可靠性来说,都会更实用。此外针对特殊项目研究,如需要捕获和分析脆弱的细胞,如粒细胞、中性粒细胞、CAR-T细胞、干细胞、移植瘤细胞、骨髓瘤细胞等,烈冰生BD平台也有更好的捕获效能,满足您的实际需求。

基于测序的数据能够将彰显其强大之处,因为它能够了解同一单细胞的多种生物分析指标。如果说单细胞基因表达提供了一种颜色的详细信息,那么单细胞多组学提供了同一细节的全彩色图谱,为您带来样本的真实视图。烈冰自2019年引进的BD Rhapsody单细胞平台以来,能够从同一单细胞中读取细胞复杂性的多组学特征。与传统方法不同,单细胞多组学简化了您需要开展的实验,也节省了您需要分析的样本,而能获得相同的结果。这不但节省了宝贵的样本,还保证了更高的生物学准确性,因为您不需要匹配拆分样本的数据集并通过计算来推断各个组学之间的关系。烈冰全线实验平台满足超深度、大规模发现和复杂疾病研究的测序。

烈冰生物BD Rhapsody单细胞分析系统,可平行分析成千上万个单细胞内数千个基因的表达水平,单细胞RNA-seq正在改变我们对细胞的理解。而烈冰作为多平台的技术服务提供商,基于BD 在生物学领域40年的专业技术,满足您的实验需求,在单细胞水平理解细胞形态和功能。BD单细胞测序分析系统克服了传统检测的局限性,如微阵列和大量细胞RNA-seq,这些技术检测通过实现对各个细胞之间的微妙差异的观察,依赖于对多个细胞的平行检测。用户可以鉴定和表征新型和罕见细胞类型,其进一步帮助理解从免疫学到疾病发展的多个领域内的生物学过程。烈冰实验室包含从样本处理到测序下机的全套实验平台。BD VDJ单细胞测序公司

ATCG碱基的排列组合构成了测序的庞大世界。深圳BD VDJ单细胞实验服务

现有的单细胞测序技术阵营在几个主要领域存在差别。一个是基于微流控通道的细胞与Beads的在通道内的动态结合,通过油相水相不相容的特点将结合了的细胞和Beads进行分隔,在这个空间,单个细胞的内容物释放,转录本或其他生物分析物被标记或添加索引,以便下游识别。BD Rhapsody单细胞测序平台采用静态微孔技术(Cyto-Seq具有类似的技术原理)。通过微孔板的物理分隔,将一个个单个细胞和带有标签的磁珠,一对一的“框”在微反应的物理平台中。这样,每一个细胞都会结合一个磁珠,那么在每一个磁珠中上长满了不同的Cell Barcode和UMI Barcode连接形成的序列,再加上一端PolyT的抓手,这个抓手就会使用oligo dT抓住mRNA构建文库。深圳BD VDJ单细胞实验服务

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