浙江空间转录组应用

时间:2021年12月07日 来源:

10x  Genomics空间转录组用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域,每个捕获区域的大小为6.5x6.5mm,包含5000个被条形码标记的点(barcoded spots),每个点的直径为55 μm,点和点之间中心的距离为100 μm,并且每个点都有一个barcode序列。组织切片的细胞中会释放出mRNA,迁移到每个spot的mRNA会被标记上相应的barcode序列,然后进行文库构建并进行测序。根据数据的条形码信息对数据进行分析,以确定哪些数据来自哪个位置,从而实现空间基因表达的可视化。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过高效的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。尽管当前空间转录组的数据在快速地增长,但尚未有对应的数据库来对这些数据进行汇总集成。浙江空间转录组应用

1. 空间转录组实验步骤A。切片制备和优化:取新鲜组织、冷冻、切片,并进行HE染色成像,优化确定切片是否覆盖靶向区域。空间转录组实验步骤B。切片固定和透化:将组织切片放置在含有与RNA结合捕获探针的载玻片上,并进行固定和透化,使细胞中的 mRNA 得到释放,并结合到相应的捕获探针上,从而获取基因表达信息。空间转录组实验步骤c。逆转和文库构建:以捕获的 RNA 为模板,进行 cDNA 合成,和测序文库制备。空间转录组实验步骤d。高通量上机测序:对制备好的测序文库,进行二代高通量短读长测序。空间转录组实验步骤e。数据可视化分析:结合HE结果,确定哪些基因有表达,表达量高低,以及这些基因的空间位置信息。浙江空间转录组应用对于 EDA 以外的任务,用户仍然经常需要学习新的语法,转换对象类型,空间转录组学仍然面临许多挑战。

欧易生物自引进10x Visium空间转录组以来已经完成了上百例样本测序,在样本包埋、切片、实验和数据分析上积累了大量宝贵的经验。本次培训班旨在跟广大科研工作者介绍空间转录组的研究热点和方案设计,分享欧易生物在样本处理、实验和数据挖掘上的成功经验,助力各位科研工作者取得新的突破。招生对象:A、对空间转录组感兴趣,期望了解空间转录组技术,或近期准备开展空间转录组测序项目B、项目已经开展,需要深入挖掘数据的科研工作者。

1. 10x Genomics公司提供的Visium空间基因表达解决方案是目前可选的一个高通量空间转录组的商业化解决方案。该解决方案可以轻松地将空间转录组学技术应用到组织切片和染色的标准方法中,从而研究空间分辨率下整个转录组mRNA的表达情况,同时在同一组织切片中获得组织学相关信息。空间转录组是一项前沿技术,涉及到很多细节方面的准备工作,例如组织类型的选择、前期预实验的设计、病理区域的确认等一系列内容。而且实验中存在很多不确定性因素,处理不慎容易导致整个项目失败。空间转录组是一项前沿技术,涉及到很多细节方面的准备工作。

早期空间转录组学的另一条发展路线是基因捕获和增强子捕获筛选,开发于二十世纪八十年代,当时 DNA 测序通量正在增加,动物基因组是新开放的前沿领域。果蝇和小鼠的筛选是在八十年代后期进行的,目的是观察未靶向且通常未知的基因表达情况。随着通量的增加,增强子和基因捕获技术在九十年代成为空间转录组学的技术,直到 WMISH 在九十年代后期兴起。WMISH 技术的自动化程度较高,避免了对转基因品系的依赖,同时由于在二十一世纪初获得物种的参考基因组信息变得越来越便利,探针设计因此也更为方便。空间转录组这对于发育生物学等众多领域的研究都具有重要的意义。浙江空间转录组应用

从实验到分析一站式掌握空间转录组流程及原理。浙江空间转录组应用

和单细胞转录组一样,空间转录组也可以进行细胞间通讯分析,区别在于空间位置信息可以同时用于识别潜在的细胞间相互作用。通常通过了解配体受体(LR)对并测试 LR 对是否更有可能在邻近细胞或 spot 中表达来完成。还有很多其他类型的分析可用于空间转录组学数据,包括基因模式的识别,空间区域的转录组定义, 基因间的相互作用推断,转录本的亚细胞定位以及基于H&E图像的基因表达估算等。1. 欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。浙江空间转录组应用

上海欧易生物医学科技有限公司是一家检验检测服务。(依法须经批准的项目,经相关部门批准后方可开展经营活动,具体经营项目以相关部门批准文件或许可证件为准)一般项目:生物医药产品、生化产品的研发,医药中间体、化工原料及产品(除危险品化学品、监控化学品、易制毒化学品)的研发、销售,仪器仪表的销售,并提供相关技术咨询、技术服务,会务服务,企业管理咨询。的公司,是一家集研发、设计、生产和销售为一体的专业化公司。公司自创立以来,投身于科研服务,科研检测,学术研究,技术咨询,是医药健康的主力军。欧易生物继续坚定不移地走高质量发展道路,既要实现基本面稳定增长,又要聚焦关键领域,实现转型再突破。欧易生物始终关注医药健康市场,以敏锐的市场洞察力,实现与客户的成长共赢。

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