上海single cell RNA单细胞平台

时间:2022年08月05日 来源:

单细胞测序技术(Single Cell Sequencing)从一种新兴的研究角度,借助已有的高通量测序手段,帮助研究者在样本中细胞的异质性、免疫微环境、发育学、免疫学以及其他领域中进行单细胞层面的数据解析,解决了Bulk Population Sequencing所无法解决的问题。这样一个新的研究领域必然也需要足够可靠的实验手段来支撑。BD Rhapsody单细胞分选系统为此提供了完善的硬件设备,保证了从单细胞悬液质量评估到单细胞分选标记过程中每一个实验步骤的准确质控。NovelBio单细胞实验团队借助BD Rhapsody单细胞分选系统,在实验实施层面对单细胞测序结果的可靠性提供了强有力的保证。继单细胞悬液制备之后,又在另一道关键关卡提供了可靠的支持,帮助研究者在单细胞测序领域收获更多的成果。搭配BD FACSMelody流式分选仪,全线搭建BD Rahpsody单细胞测序平台。上海single cell RNA单细胞平台

什么时候要用到去死细胞的操作呢?跟进烈冰生物多年单细胞测序服务经验来看,当细胞悬液进行质量和活性检测后,考虑对细胞活性在50%-70%的悬液进行去除死细胞的操作。而太低活性的悬液(小于30%),悬液中细胞大量死亡,可能已经丢失了原组织内的细胞比例和状态,失真严重,建议重新收集样本进行新的实验,保证数据的高质量和实验结果的准确性。但需要注意到,去除死细胞的操作会损失一定的细胞数量,因此希望您在提供样本时,尽可能提供足量的细胞,以备实验过程中可能存在的细胞死亡的问题,BD Rhapsody单细胞捕获平台对样本起始细胞量的要求较低,一般提供10万个细胞以上均可满足需求,特殊样本可详细咨询烈冰生物。烈冰生物单细胞实验服务单细胞测序因其强大的探究疾病--细胞--基因的关系,一度成为高通量测序技术的“天花板”。

针对单细胞测序的细胞上样数,为什么不建议捕获到的细胞数量越高越好?一味地追求高数量的细胞捕获可能会存在一些问题。例如在上机细胞悬液浓度固定时,如果目标细胞捕获数增加到8000甚至10000,上样细胞悬液体积势必增加,在细胞悬液质量不是很理想(细胞活性5%、结团率均>5%)的情况下,引入的背景信号会增加,分析结果不理想的直接体现包括:cell、non-cell无法有效区分和Fractionreadsincells偏低。当cell和non-cell无法有效区分时,会使得数据出现假阳性和假阴性结果!当目标细胞捕获数很大时,多细胞率会增加,数据分析时,此部分“cell”表现为基因检测数和UMI检测数是正常cell的N倍(N是一个GEM包裹的细胞数),导致所有细胞的统计数据(单个细胞基因检测中位数、单个细胞UMI检测中位数)虚高。此部分“cell”虽然可以通过设置数据分析阈值进行过滤,但是容易会有此类数据的残留和正常高基因检测细胞的人为去除!

单细胞测序结果动辄上百G数据量,庞大的数据对于分析平台和分析能力有着很高的要求,首先针对下机数据的质控环节:单细胞测序产生数亿的结果序列,不可避免的会出现低质量的测序结果,存在各种情况的序列污染。因此序列过滤及质量评估就会变得极为重要。序列质量主要通过测序质量值Q20/Q30的占比来表征,即碱基测序结果的错误率在1% / 0.1%以下的比例。理想的测序结果reads的碱基质量均高于30。保证数据获得后的处理结果的准确性,为后续细胞类型鉴定和功能分析打下坚实基础。基于“静态蜂巢”技术,实现落孔细胞的物力分割和磁珠的一对一匹配。

多样本数据合并:Fraction of Reads Kept:合并样本时,各样本根据Mapped Barcoded Reads per Cell数量计算出来的数据利用率。如果各样本间该参数值相差很大,需要进行Downsample处理,以数据量少的样本为基准将不同样本中细胞测序深度标化到同一水平,从而避免因测序深度差异导致的基因检测数量、基因表达水平的差异。烈冰科技自主研发的单细胞云平台致力于帮助每一位客户定制化分析数据,深度解读数据分析结果,深入挖掘其背后的生物学意义;从操作便捷、结果可视化、分析可追溯、系统稳定等方面助力单细胞研究,加速科研进程!烈冰单细胞多组学测序助您探究细胞类型特异性和基因调控网络特征。重庆BD Rhapsody单细胞测序服务公司

单细胞测序平台,烈冰提供高性价比服务方案。上海single cell RNA单细胞平台

您的珍贵样本,还可以放心依赖烈冰生物BD Rhapsody单细胞捕获系统,BD RhapsodyTM单细胞捕获系统采用微孔技术,对细胞的捕获没有偏好性,实现高达80%的微孔板捕获率,由于单个微孔板中容纳了22万+个微孔,而现阶段单细胞测序实验技术通常要求单个样本捕获3000-5000,至高达10000个细胞,即可满足科研探索需求,因此这种“泊松分布”的原理类似于上样细胞的无限稀释过程,但22万+微孔的存在,也对大体量细胞数目的科学研究有很好的包容性,细胞通量分为可扩展至100-40000个细胞的捕获(单个微孔板),满足您的多重需求。上海single cell RNA单细胞平台

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