合肥scRNA空间转录组多组学测序

时间:2022年08月10日 来源:

高通量测序技术(High-throughputsequencing)又称“下一代”测序技术(“Next-generation”sequencing),以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。高通量测序技术是对传统测序一次颠覆性的改变,一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,因此在有些文献中称其为下一代测序技术(nextgenerationsequencing)足见其划时代的改变,同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,所以又被称为深度测序(deepsequencing)。而烈冰科技具有专业生物背景和十二年科研服务经验,已助力Nature,immunity等在内的300+篇CNS文章发表。空间转录组测序,上海烈冰生物科技很靠谱。合肥scRNA空间转录组多组学测序

空间转录组测序的数据分析基本分为三个阶段:1.数据的预处理部分;2.Spot点阵的分群与定义;3.Spot分群的功能与生物学价值。每一个部分都不可或缺,其结果都对后续的分析结果有重要影响。由于空间转录组的序列结构与单细胞转录组测序的左端序列结构是非常接近的,都是Cellbarcode/SpotBarcode+UMI+捕获区域这样的设计。右端普遍为捕获的RNA序列。因此采用单细胞的原始数据过滤策略即可,左端可以考虑切下捕获区域前的序列区域作为后续分析用的序列以减少分析负荷。随后,采用10X官方的Spatialranger的策略进行后续分析,解析出位于空间位置中的有效的Spot表达矩阵。武汉上海烈冰生物空间转录组测序服务公司烈冰智造空间转录组细胞捕获,媲美国际主流的单细胞平台。

在转录组学领域,空间转录组也开辟了新世界。Nature Methods在今年1月份将空间转录组学评价为2020年度方法,空间转录组方法近几年越来越受到欢迎,它将带领组学在生物学的研究上进入新的阶段。从转录组测序到实现单细胞转录测序,这一过程为精确认识不同细胞类型提供了巨大的帮助。现在,新的空间转录组方法不仅带来转录组信息,同时还提供空间信息,帮研究者更好辨别转录的位置,进一步扩展到单细胞分辨率,这会更大程度提升科学家对单个细胞的认识和解读。

细胞中基因的表达是严格按照时间和空间顺序发生,因此细胞类型和基因表达具有时间特异性和空间特异性。时间特异性可以通过收集不同时间点的样本进行单细胞转录组测序来分析。但是单细胞测序结果动辄上百G数据量,庞大的数据对于分析平台和分析能力有着很高的要求,单细胞转录组测序(scRNA-Seq)在单细胞悬液制备的过程中破坏了细胞的空间结构,无法给出固态异质化组织中细胞空间排布信息。而空间转录组可以解决这个问题,其以点阵形式记录组织切片细胞的空间信息。烈冰空间转录组测序助您深入探究细胞类型特异性和基因调控网络特征。

空间组学可以应用的方向:1.可以鉴定到疾病的空间位置异质性:对于阿尔茨海默症的研宄可以探索到小神经质细胞趋向于阿尔茨海默神经班。 2.建立空间转录组图谱构建个人空间转录组图谱将极大提升科研人员对生物体组织间的细胞差异。3、描述胚胎发育及空间蓝區胚胎发育的动态过程是科研人员一直为之着迷的,空间组学发展可以清晣的描绘胚胎发育的蓝图。除了皮肤、胰腺和骨头组织外,其余样本类型均可开展10xGenomics空间转录组研究。10xGenomics公司已经测试完毕的组织类型有:人:心胜、肾胜、卵巢、乳房、淋巴结、大脑、大肠、肺、脾脏小鼠:大脑、眼睛、心胜、肾胜、大肠、肝脏、肺、卵巢,四头肌、小肠、脾胜、胃、翠丸、甲状腺、舌头大鼠:大脑、肾脏、心脏烈冰斥巨资引进Novaseq6000,开启更大通量测序新纪元。西安烈冰生物空间转录组数据分析

空间转录组可展示组织切片中不同区域的基因表达情况,揭示精细病理区域的信号通路。合肥scRNA空间转录组多组学测序

烈冰生物已空间转录组测序服务提供从一个组织切片样本中获取包括空间信息在内的全部转录组数据,从而可以区分和定位功能基因在特定组织区域内的活跃表达。其可以检测组织样本中的所有基因活动,并绘制活动发生的位置,这将有助于科学家更好地构建生物图谱,并进一步理解疾病和生物学过程。目前,空间转录组主要应用于多种疾病、免疫、发育、神经和病理学等研究领域。烈冰生物具有专业的实验团队、丰富的切片经验,配置了国际主流的仪器设备,实验团队针对不同组织类型优化完善实验方案,并制定了严谨规范的实验室SOP流程,保证空间转录组切片的质量,全优保障测序数据质量。合肥scRNA空间转录组多组学测序

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