厦门single cell RNA单细胞多组学商业化服务

时间:2022年08月28日 来源:

高通量测序技术(High-throughputsequencing)又称“下一代”测序技术(“Next-generation”sequencing),以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。高通量测序技术是对传统测序一次颠覆性的改变,一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,因此在有些文献中称其为下一代测序技术(nextgenerationsequencing)足见其划时代的改变,同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,所以又被称为深度测序(deepsequencing)。而烈冰科技具有专业生物背景和十二年科研服务经验,已助力Nature,immunity等在内的300+篇CNS文章发表。单细胞多组学技术(single-cell multimodal omics) 是指在同一细胞中同时测量多种组学数据的前沿技术。厦门single cell RNA单细胞多组学商业化服务

FluidigmC1平台基于富鲁达(Fluidigm®)的微流控技术应用于单细胞测序(SingleCellRNASequencing)领域的商业化中,该技术大约在几个小时中可以捕获96个左右的细胞,进行各类的Single-Cell测序建库。当然,通量还是比较小。但不可否认的是,现在很多非RNA类SingleCell测序,仍然在采用这样的技术,如SingleCellDNA-Seq,SingleCellATAC-Seq等,都是采用此技术进行单细胞分选后再分别用不同试剂盒建库。所以可以说,至少在10XGenomics、BD或者其他企业推出有效的SingleDNA测序技术之前,C1仍然会是市场上的重要组成部分。北京高通量测序单细胞多组学数据分析可视化单细胞组学技术方法的不断 发展和改进, 为单细胞层级的多组学整合分析奠定了 基础。

二代测序技术在测序方法上取得了重大突破,基于“边合成边测序”(sequencingbysynthesis)和大规模平行测序技术(massiveparallelanalysis,MPS),使测序通量和读取速度得到极大提升,烈冰生物斥巨资购置的Novaseq6000测序仪的测序原理可以简化为四步:样品文库构建、簇生成、测序和数据分析。由于读长限制,样品DNA或由RNA逆转录得到的cDNA需要被打断成300-500bp的片段,并在3和5端接上3种序列:1)Index,用于区分样品来源;2)Adapter,用于结合测序通道上的位点;3)Primerbindingsite,用于结合PCR引物启动扩增反应。

未来,单细胞多组学测序技术的发展,一方面将集中在对现有技术的优化和新方法的开发.现有技术的优化不仅包括建库手段、测序技术和算法工具等方面,还包括优化实验设计、自动化实验流程以及提升实验效率.为了更好地检测到各种大分子的特征,研究者可以考虑从生物、化学和物理等多学科中寻找解决方案.此外,新的计算方法和分析工具能帮助研究者越过一些实验限制,发现更多新奇的生物过程.例如,拟时序分析(pseudotimetrajectory)将有助于人们理解早期胚胎发育的细胞分化轨迹.新方法则可以更多地关注目前未能检测到的一些重要的基因表达调控层面,如DNA三维结构、非编码RNA和胞内蛋白等.另一方面,目前的单细胞多组学测序技术发展势头强劲,研究者不断研发并丰富着单细胞测序工具箱,各种组学方法百家争鸣.未来,研究者需要从众多相似的方法中筛选出一些稳定、通用、成本低、可商业化的方法,并进一步扩大其实际应用范围。单细胞转录组技术在多个研究领域都发挥了重要的推进作用,揭示了组织中微量的细胞类型和基因表达特征。

对于单细胞测序而言,常常需要先构建细胞图谱,在此基础上再开展后续各项分析,并且数据分析时以细胞聚类(cell cluster)为讨论对象,而不是像常规Bulk测序一样以组别为分析对象,因此单细胞测序项目对样本入组要求没有Bulk测序那样严格,但是单细胞测序,特别是目的为图谱研究时,需要通过提高样本复杂度(增加样本数),尽可能的构建某一疾病类型、群体细胞图谱信息。因此,单细胞测序实验设计时首先需要保证生物学重复,不同样本来源的样本建议单独进行细胞解离和捕获、建库、测序,以保证捕获到足够的细胞数,单个样本分别捕获细胞时,后续分析除了整体分析以外,还可以做单样本分析,保证分析的完备准确性。单细胞多组学技术基于单细胞测序技术和高通量组学方法发展而来,能在单细胞分辨率下同时整合多种组学信息。深圳scRNA单细胞多组学商业化服务

单细胞测序是高通量测序下的又一重大技术突破。厦门single cell RNA单细胞多组学商业化服务

细胞中基因的表达是严格按照时间和空间顺序发生,因此细胞类型和基因表达具有时间特异性和空间特异性。时间特异性可以通过收集不同时间点的样本进行单细胞转录组测序来分析。但是单细胞转录组测序(scRNA-Seq)在单细胞悬液制备的过程中破坏了细胞的空间结构,无法给出固态异质化组织中细胞空间排布信息。而空间转录组可以解决这个问题,其以点阵形式记录组织切片细胞的空间信息,在保留组织形态结构的基础上,获得细胞/基因的空间表达特异性。厦门single cell RNA单细胞多组学商业化服务

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