南京BD Rhapsody空间转录组测序服务

空间转录组测序的数据质量和玻片有效区域的利用率、贴片的质量和透化时间息息相关。贴片质量不良会影响总的有效spot数等；而透化不合理会导致spot的reads数、基因中位数等参数。而在特异性基因表达方面，我们也可以统计空间转录组群体的特异性基因表达即Markergene，将他们在组织切片以及空转上进行着色。我们也可以对于任意一个已知的基因或者数据库中的一些细胞Marker，然后将其在基因表达在空间转录组的切片以及HE染色上展示自己的基因表达进而了解，群体中的可能的细胞组成关系。空间转录组测序可识别重要的转录因子，进行谱系和发育追踪。南京BD Rhapsody空间转录组测序服务

空间转录组测序的数据分析基本分为三个阶段：1.数据的预处理部分；2.Spot点阵的分群与定义；3.Spot分群的功能与生物学价值。每一个部分都不可或缺，其结果都对后续的分析结果有重要影响。由于空间转录组的序列结构与单细胞转录组测序的左端序列结构是非常接近的，都是Cellbarcode/SpotBarcode+UMI+捕获区域这样的设计。右端普遍为捕获的RNA序列。因此采用单细胞的原始数据过滤策略即可，左端可以考虑切下捕获区域前的序列区域作为后续分析用的序列以减少分析负荷。随后，采用10X官方的Spatialranger的策略进行后续分析，解析出位于空间位置中的有效的Spot表达矩阵。青岛scRNA空间转录组测序烈冰生物全转录组测序通过双文库构建，实现多种RNA的一网打尽。

10XGenomics和Drop-Seq的技术原理。是利用十字交叉的通道，从横向孔道中逐一输入凝胶微珠，纵向孔道输入细胞，凝胶微珠与细胞碰撞后会吸附在凝胶微珠上，并通过微流控技术，将之输入到油相孔道中。这时候，就形成了一个个油滴后输出并收集在EP管中。每一个油滴中会落入一个细胞以及一个凝胶微珠，那么在每一个凝胶微珠中上长满了不同的CellBarcode和UMIBarcode连接形成的序列，再加上一端PolyT的抓手，构成我们的捕获凝胶微珠。而这个凝胶微珠抓手就会使用oligodT抓住mRNA构建文库，进而完成细胞中RNA的捕获过程。

空间转录组测序的关键就在于，解决了空间位置保留的问题。被放置在芯片区域内的冰冻组织切片在经过H&E染色和成像记录后，会被进行透化处理，释放细胞中的RNA。芯片上的捕获引物的中段设置了带有独特标识的条形码区域。芯片被划分为了数个不同的捕获区域，每个捕获区域中锚定的引物都带有不同的条形码序列。每个区域对应的组织位置会被记录下来，然后再进行测序后，通过条形码将不同区域的测序结果，映射到对应的组织位置上，拼贴形成组织样品的空间转录组图像。测序的革新让科学研究从个体基因差异逐渐转为个体细胞的基因差异。

生命科学研究的目的之一就是为了解决细胞和组织以及该组织如何影响功能这一难题。测序技术可提供特定条件下某些 组织中基因的表达信息，不仅可以推断出相应未知基因的功能，揭示特定调节基因的作用机制，而且可以辨别细胞的类型和异质性，为疾病诊断提供理论依据。但由于研究的深入或具体研究方向和内容的不同，传统的转录组测序技术显然不能够满足科研工作者们强烈的好奇心，更加直观地反映组织中基因的表达情况，随即单细胞转录组测序（Single-cell RNA-sequencing，scRNA-seq）、空间转录组（Spatial transcriptomics，ST）测序等一系列技术应运而生。从样本处理到终端数据分析，只要您需要，烈冰提供全流程的无忧服务。广州烈冰科技空间转录组测序服务

ATCG碱基的排列组合构成了测序的庞大世界。南京BD Rhapsody空间转录组测序服务

细胞中基因的表达是严格按照时间和空间顺序发生，因此细胞类型和基因表达具有时间特异性和空间特异性。时间特异性可以通过收集不同时间点的样本进行单细胞转录组测序来分析。但是单细胞测序结果动辄上百G数据量，庞大的数据对于分析平台和分析能力有着很高的要求，单细胞转录组测序（scRNA-Seq）在单细胞悬液制备的过程中破坏了细胞的空间结构，无法给出固态异质化组织中细胞空间排布信息。而空间转录组可以解决这个问题，其以点阵形式记录组织切片细胞的空间信息。南京BD Rhapsody空间转录组测序服务

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