重庆单细胞免疫组库测序数据分析

时间:2022年06月04日 来源:

所谓的高通量测序技术,又名大规模平行测序,是将 DNA(或者 cDNA)随机片段化、加接头,制备测序文库,通过对文库中数以万计的克隆(colony)进行延伸反应,检测对应的信号并获取序列信息。与 传统测序法相比,高通量测序技术在处理大规模样品时具有强大的优势,又快(两天)又多(数百万克隆),成为目前组学研究的主要技术。单细胞测序是一个系统的工程,开展项目前您可能会先评估它提供的见解是否与您的研究问题相匹配,如果匹配,实验过程如何规划,实验平台如何选择,样本如何制备,数据如何分析等等,而在这一切开始之前,我们的服务就已经开始了,从销售到实验到专业技术支持,我们开通全线对接渠道,帮助您快速定位项目诉求,提供从实验设计到文章发表的全流程,我们始终是您贴心的科学合作伙伴。烈冰专精单细胞多组学测序领域。重庆单细胞免疫组库测序数据分析

什么是染色质可及性? 正常情况下,DNA与核小体缠绕折叠在一起形成染色质,但是DNA的复制、转录都是需要将染色体的高级结构解开的,然而解压并不需要将整个染色体全部打开,而只需要打开一部分,即需要表达基因的区域。这部分打开的染色质,就叫开放染色质(open chromatin)。打开染色质,允许部分调控蛋白(比如转录因子和辅因子)过来与之相结合的特性,即染色质的可及性(chromatin accessibility)。ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing),即利用转座酶研究染色质可及性的高通量测序技术,通俗来说就是将携带测序信息的转座酶等插入开放性染色质中进行识别,进一步通过高通量测序及生物信息学分析来挖掘相关基因信息,以探究生物学相关问题。与ScRNA-Seq类似,ScATAC-seq也是在ATAC-Seq的基础上,解决不同细胞群体的异质性的问题,检出混杂样品测序所无法得到的异质性信息。杭州单细胞细胞核测序服务强势发文!烈冰单细胞测序助力揭示愈伤组织能再生的机制。

多样本数据合并:Fraction of Reads Kept:合并样本时,各样本根据Mapped Barcoded Reads per Cell数量计算出来的数据利用率。如果各样本间该参数值相差很大,需要进行Downsample处理,以数据量少的样本为基准将不同样本中细胞测序深度标化到同一水平,从而避免因测序深度差异导致的基因检测数量、基因表达水平的差异。烈冰科技自主研发的单细胞云平台致力于帮助每一位客户定制化分析数据,深入解读数据分析结果,深入挖掘其背后的生物学意义;从操作便捷、结果可视化、分析可追溯、系统稳定等方面助力单细胞研究,加速科研进程!

空间组测序技术,作为现阶段单细胞技术的重要补充技术进入了组学的实验领域以及生物信息学的分析领域。通过单细胞测序(单细胞表达尺度)+ 空间转录组测序(空间表达尺度)+数字病理(临床诊断尺度)联合分析可在空间和时间上描述不断演变的组织生态系统,多角度深入分析组织的形态特征、基因组学特征、表观遗传调控因子以及样本中的免疫微环境。不同于单细胞测序分析的需求-分析-需求-分析的模式,空间转录组分析实际上是非常需要研究者和企业之间的互动的,尤其是对于组织切片的理解,一个在线互相交流空间转录组测序结果的系统也是空转分析中不可或缺的一环,也是重中之重。烈冰科技成立10余年,为科研学者提供专注的测序数据分析服务。

机体为响应各种应激,其细胞会从一种功能“状态”转变为另一种功能“状态”;当细胞在不同状态之间转变时,往往会经历转录重组,导致一些基因被“沉默”,一些基因被重新“唤醒”,但纯化这些瞬态细胞进行研究是很困难或不可能的;scRNA-seq拟时序分析可以让我们在不需要纯化的情况下查看这些细胞状态。拟时序分析,即根据不同细胞亚群基因表达量随时间的变化情况,构建细胞谱系发育,但这里的时间并不是真时间,而是一个虚拟的时间,是指的细胞与细胞之间的转化和演替的顺序和轨迹。即使在同一个样本中,也会存在多种不同的细胞形态。因此,不论测定了多少样本,我们都可以采用拟时序分析对样本中的细胞转化和变化进行描述。烈冰测序数据分析平台,不依赖已有物种信息,可研究非模式物种,针对不同平台的数据,制定多套流程;广州ATAC测序分析

烈冰生物成立于2010年,专注于单细胞测序领域科研服务。重庆单细胞免疫组库测序数据分析

基于10X Next GEM技术,单细胞免疫组库测序一次实验可以同时检测近万个细胞,可在一个样本中同时获5'端mRNA表达谱、TCR和BCR的信息,结合基因的表达谱和V(D)J数据进行复杂组织样本的是影响免疫应答分析,监测免疫疗法的效果,研究疾病发生、发展的分子机制。 烈冰平台 1/ 1000+ TCR/BCR项目经验,一次实验可同时获取1000-10000个细胞的文库构建,获得转录组和免疫组数据。 2/ 具备完善的免疫组库测序和实验质控流程,获取V(D)J全长序列的配对信息 3/ 丰富的免疫组库测序和数据分析经验,实现专属个性化数据分析服务,搭配单细胞分析云平台,一键导出交互性的动态结果报告。重庆单细胞免疫组库测序数据分析

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