贵州欧易生物空间转录组使用

10x Genomics空间转录组的实现原理是什么？10x Genomics空间转录组用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域，每个捕获区域的大小为6.5x6.5mm，包含5000个被条形码标记的点（barcoded spots），每个点的直径为55 μm，点和点之间中心的距离为100 μm，并且每个点都有一个barcode序列。组织切片的细胞中会释放出mRNA，迁移到每个spot的mRNA会被标记上相应的barcode序列，然后进行文库构建并进行测序。根据数据的条形码信息对数据进行分析，以确定哪些数据来自哪个位置，从而实现空间基因表达的可视化。 早期空间转录组学的另一条发展路线是基因捕获和增强子捕获筛选。贵州欧易生物空间转录组使用

空间转录组的应用有哪些？一、发现疾病的空间异质性：同时了解患病组织中的细胞类型及其定位有助于解决空间分辨的转录组学问题。在不同的环境下，明智地选择这些方法在生物学研究中也是至关重要的，例如在神经科学中，基于FISH的方法很普遍；基于LCM的方法适用于小样本（例如临床样本）以及整个转录组或基因组分析。二、构建空间转录组图谱：借助于空间分辨的单细胞转录组学，建立图谱可能是在分子水平上研究生物体结构的重要步骤。目前的多项研究通过单细胞转录组技术结合空间转录技术，得到多个***的时空转录组图谱（相关研究后续会在如下专辑更新）。贵州欧易生物空间转录组使用空间转录组组织学板块包括样品的包埋、切片、固定、染色及成像，记录切片的形态学信息。

如果只是通过空间转录组或者单细胞转录组，研究人员在两个样本中均可以发现淋巴细胞相关基因或者淋巴细胞群，无法解释两个样本预后之间的差异。但是通过空间转录组，就能很清晰看到两个样本之间的差异。作者借助空间转录组测序技术探究人类心脏在发育过程中的基因表达特征和细胞图谱变化，发现对于每个发育阶段的不同解剖区域，都有独特的基因表达特征。结合单细胞转录组测序技术，作者进一步确定和丰富了胚胎心脏基因表达的空间注释信息。

和单细胞转录组一样，空间转录组也可以进行细胞间通讯分析，区别在于空间位置信息可以同时用于识别潜在的细胞间相互作用。通常通过了解配体受体（LR）对并测试 LR 对是否更有可能在邻近细胞或 spot 中表达来完成。还有很多其他类型的分析可用于空间转录组学数据，包括基因模式的识别，空间区域的转录组定义， 基因间的相互作用推断，转录本的亚细胞定位以及基于H＆E图像的基因表达估算等。1. 欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验，致力通过质量的服务，助力各位科研工作者取得新的突破。除了皮肤、胰腺和骨头组织外，其余样本类型均可开展10x Genomics空间转录组研究。

空间转录组的一般流程2。这使得在后续步骤中覆盖细胞组织图像和基因表达数据成为可能。用我们的渗透试剂对组织进行渗透，这意味着在细胞膜上形成小孔。RNA分子可以通过这些通道离开细胞，并与芯片上相邻的捕获探针结合。因此，基因表达信息被捕获在芯片上。需要通过以下步骤将捕获的RNA分子中存储的信息转换为数据。cDNA合成是为了创造稳定的双链DNA分子。这是必要的，因为cdna - rna -杂交体的降解速度很快。此外，这是构建可测序文库之前的必要步骤。所有之前收集的信息都被汇集起来，可以在线访问。这意味着在实践中，您可以查看组织切片的图像并选择组织中的不同区域。然后你可以确定哪些基因在这些区域中以什么数量表达。因此，你可以在一个单一的实验中进行新分析。空间转录组是一种用于从空间层面上解析RNA-seq数据的技术，从而解析单个组织切片中的所有mRNA。贵州欧易生物空间转录组使用

过真实研究案例聚焦包括单细胞转录组、单细胞基因组、单细胞代谢组、空间转录组。贵州欧易生物空间转录组使用

 空间转录组学(ST)是一种方法，允许在组织样本中可视化和定量分析转录组与空间分辨率。通过在载玻片上排列含有位置条形码的寡核苷酸的组织切片，该方法声称可以生成具有精确位置信息的高质量的RNA-seq cDNA文库。条形码芯片有1007个带有独特条形码序列的引物位点。每个位置都有一个直径100µm(对应于一个组织域)中心到中心的距离是200µm。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验，在空间转录组样本处理、实验和数据挖掘上的成功经验，致力通过质量的服务，助力各位科研工作者取得新的突破。贵州欧易生物空间转录组使用

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