广西空间转录组使用

高通量空间转录组学数据的处理和分析需要新颖的方法和工具支撑，尤其是在预处理、scRNA-seq 数据的空间重构、基于微阵列数据的细胞类型去卷积、空间高变基因的识别、细胞间相互作用的推导等。scRNA-seq 技术的进步启发了利用高分辨率转录组定量分析与空间转录组学数据的互补性质的新方法。对于未进行转录组测序的 smFISH 和 ISS 数据，可通过 scRNA-seq 数据估算空间数据中未分析的基因的表达模式。此外，“空间转录组学”这一术语的变体，也用于描述将转录本定位到细胞器的技术（例如 APEX-seq），尽管该技术没有记录任何空间坐标。空间转录组数据分析软件开发语言统计情况。广西空间转录组使用

空间转录组是在组织原位检测基因表达的一种技术，与bulk RNA-seq或单细胞转录组测序相比，空间转录组避免了组织中细胞位置信息的丢失，使得我们在检测基因表达的同时获得基因在组织内部的空间位置信息。正是由于空间转录组可以从多维度解析生物学过程的特点，近年来关于空间转录组无论是在技术开发，还是大规模应用或商业化，都得到蓬勃发展。例如2019年4月，Science发文通过空间转录组揭示ALS（肌萎缩侧索硬化症，又称渐冻症）分子病理的时空动态；2019年8月，Nature在线发表了景乃禾团队解析小鼠早期胚胎细胞的时空表达数据；2020年9月，Cell上发表了一篇利用空间转录组解析人鳞状细胞*的文章；2021年1月，Science发表了将组织扩展和原位RNA测序结合起来的新型空间转录组技术ExSeq；2021年4月，10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空间转录组商业化解决方案。广西空间转录组使用10x  Genomics空间转录组用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域，每个捕获区域的大小为6.5x6.5mm。

空间转录组的应用有哪些？一、发现疾病的空间异质性：同时了解患病组织中的细胞类型及其定位有助于解决空间分辨的转录组学问题。在不同的环境下，明智地选择这些方法在生物学研究中也是至关重要的，例如在神经科学中，基于FISH的方法很普遍；基于LCM的方法适用于小样本（例如临床样本）以及整个转录组或基因组分析。二、构建空间转录组图谱：借助于空间分辨的单细胞转录组学，建立图谱可能是在分子水平上研究生物体结构的重要步骤。目前的多项研究通过单细胞转录组技术结合空间转录技术，得到多个***的时空转录组图谱（相关研究后续会在如下专辑更新）。

10x  Genomics空间转录组用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域，每个捕获区域的大小为6.5x6.5mm，包含5000个被条形码标记的点（barcoded spots），每个点的直径为55 μm，点和点之间中心的距离为100 μm，并且每个点都有一个barcode序列。组织切片的细胞中会释放出mRNA，迁移到每个spot的mRNA会被标记上相应的barcode序列，然后进行文库构建并进行测序。根据数据的条形码信息对数据进行分析，以确定哪些数据来自哪个位置，从而实现空间基因表达的可视化。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验，致力通过高效的服务，助力各位科研工作者取得新的突破。通过空间转录组技术可获取组织中具体的位置转录信息，为研究和诊断提供有效数据支撑。

第二，数据库的建立。尽管当前空间转录组的数据在快速地增长，但尚未有对应的数据库来对这些数据进行汇总集成。第三，研究物种及组织的多样化。在当前时代，除 LCM 之外，研究的***主要集中于人类和小鼠的大脑，而其他***（例如肝脏）的空间转录组学研究相对滞后。对除人类和小鼠以外的其他生物以及除大脑以外的其他***的技术现代化，将为开发有用的空间转录组学地图集提供广阔的前景。第四，集成度高、交互性强、易扩展、文档信息完善的开源工作流程的开发。该类工具的开发将简化不同类型空间转录组学数据的整合和分析。空间转录组可以进行细胞间通讯分析，区别在于空间位置信息可以同时用于识别潜在的细胞间相互作用。广西空间转录组使用

10x Genomics空间转录组技术可以应用于免疫、发育、神经和病理等研究方向。广西空间转录组使用

1. 空间转录组是一种用于从空间层面上解析RNA-seq数据的技术，从而解析单个组织切片中的所有mRNA。空间条形码逆转录oligo(dT)引物在显微镜载玻片表面的有序附着，使得在mRNA样品处理和后续测序过程中位置信息的编码和获取成为可能。单细胞RNA测序或组织样本RNA测序，均无法为研究人员提供精确的空间信息。通过空间转录组技术可获取组织中具体的位置的转录信息，为研究和诊断提供有效数据支撑。10x Genomics空间转录组技术可以应用于免疫、发育、神经和病理等研究方向。广西空间转录组使用

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