济南scRNA单细胞多组学测序

时间:2022年07月06日 来源:

Single Cell Sequencing技术,即利用优化后的高通量测序技术(NGS,Next Generation Sequencing)分析每一个单个细胞的序列信息,从而更高分辨率地揭示细胞间的细胞差异以及其在微环境中的功能情况。那么问题来了,如何获得单个细胞?如果无法获得单个细胞这一切都是不成立的;如何获得大批量的单个细胞?单个组织细胞群体通常在百万级别以上,如果被检测的测序细胞数量过小精确度不足;如何低成本地获得大批量单个细胞?单细胞测序成本非常高,尤其是需要测2000~3000个以上的细胞的时候,如果单个细胞的分选成本也很高,技术根本无法普及。所以,正因为这些问题的存在使得高通量测序在单个细胞测序应用中的普及度一直不足,直到几个单细胞测序突破性技术的诞生。搭配BD FACSMelody流式分选仪,全线搭建BD Rahpsody单细胞测序平台。济南scRNA单细胞多组学测序

您的珍贵样本,可以放心依赖烈冰生物BD Rhapsody单细胞捕获系统,基于BD平台从原理到效率到通量的多重包容性,使得BD平台对实验过程存在的批次效应产生的可能性更小,可在技术、生物学、实验中心和用户之间的样本检测获得一致、可靠的结果,而磁珠的拆分使用和即时存储,可增加实验设计的灵活性,配套的BD Scanner可视化工作流程质控,从细胞铺板前微孔板空板检测,到细胞上样、磁珠上样、磁珠洗涤扫描、细胞裂解、磁珠回收、回收磁珠扫描等全过程,均实现BD Scanner的可视化质控,让您的每个样本在实验端全程无忧。湖北BD VDJ单细胞转录组测序烈冰生物全国五大实验中心,多地部署BD Rahpsody平台,助您的样本更快速抵达“战场”。

根据烈冰多年单细胞测序服务经验,为什么不建议您一味的追求高细胞数量的捕获:单细胞测序所有的分析都是基于细胞聚类进行,而细胞聚类是在区分cell和non-cell后,获得细胞基因表达谱,通过降维(pca),无监督聚类以及可视化(t-SNE)得到的。进行细胞聚类时需要考虑到每个细胞的基因表达模式,因此即使是相同的数据,在剔除几个细胞的情况下,前后获得的聚类图也会出现明显不同。而当细胞捕获数过多时,无论是假阴性和假阳性数据还是多细胞数据,都会对正常细胞聚类产生影响,造成聚类结果失真。这也是很多文章,特别是很多高分文章,为什么单个样本捕获细胞数在2000-3000的原因了。烈冰建议单个样本捕获细胞数在3000-5000个时,数据量在100G左右时,可以满足分析和文章发表的多重需求。

单细胞测序技术(Single Cell Sequencing)从一种新兴的研究角度,借助已有的高通量测序手段,帮助研究者在样本中细胞的异质性、免疫微环境、发育学、免疫学以及其他领域中进行单细胞层面的数据解析,解决了Bulk Population Sequencing所无法解决的问题。这样一个新的研究领域必然也需要足够可靠的实验手段来支撑。BD Rhapsody单细胞分选系统为此提供了完善的硬件设备,保证了从单细胞悬液质量评估到单细胞分选标记过程中每一个实验步骤的准确质控。NovelBio单细胞实验团队借助BD Rhapsody单细胞分选系统,在实验实施层面对单细胞测序结果的可靠性提供了强有力的保证。继单细胞悬液制备之后,又在另一道关键关卡提供了可靠的支持,帮助研究者在单细胞测序领域收获更多的成果。烈冰斥巨资引进Novaseq6000,开启更大通量测序新纪元。

科研的魅力之处,在于无穷尽的探寻生命的本底,通过单细胞测序,我们对组织的分子基础的研究也从初级到深层,并在单细胞层面逐渐达成一致,那么不禁要问一句,组织的空间位置到底重不重要?空间异质性是功能的关键特征,细胞的位置信息更能反应细胞命运调控机制和细胞谱系发生过程。因此时间和空间即像组织的AB面,而不可否认的是,此时空间坐标的记录,像一个还未长大的娃娃,虽未触及分子基础研究的深层,但仍在努力攀登探寻生命本底的下一个高峰。烈冰专注单细胞多组学测序领域。湖南BD VDJ单细胞测序服务

自2019年起,烈冰生物BD单细胞测序平台已助力发表近20篇一区CNS高分文章。济南scRNA单细胞多组学测序

现有的单细胞测序技术阵营在几个主要领域存在差别。一个是基于微流控通道的细胞与Beads的在通道内的动态结合,通过油相水相不相容的特点将结合了的细胞和Beads进行分隔,在这个空间,单个细胞的内容物释放,转录本或其他生物分析物被标记或添加索引,以便下游识别。BD Rhapsody单细胞测序平台采用静态微孔技术(Cyto-Seq具有类似的技术原理)。通过微孔板的物理分隔,将一个个单个细胞和带有标签的磁珠,一对一的“框”在微反应的物理平台中。这样,每一个细胞都会结合一个磁珠,那么在每一个磁珠中上长满了不同的Cell Barcode和UMI Barcode连接形成的序列,再加上一端PolyT的抓手,这个抓手就会使用oligo dT抓住mRNA构建文库。济南scRNA单细胞多组学测序

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