陕西BD VDJ单细胞多组学测序

时间:2022年07月09日 来源:

由于高通量测序实验方法相关的测序成本,使得单细胞实验往往非常昂贵,烈冰生物BD Rhapsody单细胞测序服务珍视您的每一份样本,在平台搭建前,我们测试评估了BD Rhapsody的性能,与BD官方公布的数据结合来看,将人293T和小鼠NIH/3T3细胞的1:1混合物以不同浓度上样到BD Rhapsody卡式芯片上。存储的cDNA分子普遍扩增并进行低通量测序(每个细胞月8700个读数)。在测序数据中检测到1109个细胞的上样条件下,每个细胞中,来自每个细胞的平均99.4%的分子经检测为人或小鼠,这表明微孔之间的串扰非常小,在测序数据中检测到1000个或更少细胞的上样密度下,多重态发生率接近零,并且在15000个细胞下小于5%。搭配BD FACSMelody流式分选仪,全线搭建BD Rahpsody单细胞测序平台。陕西BD VDJ单细胞多组学测序

单细胞测序庞大的数据烈冰生信团队倾情研发的NovelBrain®生信大数据分析平台,可实现零代码操作、简单方便:单细胞浏览器的操作简单,不需要命令行操作。简单拖拽、设置参数即可运行,即使生信0基础用户也可以运用自如;可视化展示海量结果文件:可视化展示Cluster的基因数,UMI数量、线粒体RNA占比信息;以及不同Cluster对应的细胞数量、基因表达量、RNA表达量、样本细胞分布、线粒体RNA表达量等;3D立体展示,文章动图先人一步:单细胞浏览器针对t-SNE图、UMAP图和pseudotime结果进行三维立体展示,更加直观立体的观察细胞分布和聚类情况。深圳BD单细胞多组学测序深度的单细胞测序数据解读助力医疗健康大时代。

机体为响应各种应激,其细胞会从一种功能“状态”转变为另一种功能“状态”;当细胞在不同状态之间转变时,往往会经历转录重组,导致一些基因被沉默,一些基因被重新“唤醒”,但纯化这些瞬态细胞进行研究是很困难或不可能的;scRNA-seq拟时序分析可以让我们在不需要纯化的情况下查看这些细胞状态。拟时序分析,即根据不同细胞亚群基因表达量随时间的变化情况,构建细胞谱系发育,但这里的时间并不是真时间,而是一个虚拟的时间,是指的细胞与细胞之间的转化和演替的顺序和轨迹。即使在同一个样本中,也会存在多种不同的细胞形态。因此,不论测定了多少样本,我们都可以采用拟时序分析对样本中的细胞转化和变化进行描述。

对于单细胞测序而言,常常需要先构建细胞图谱,在此基础上再开展后续各项分析,并且数据分析时以细胞聚类(cell cluster)为讨论对象,而不是像常规Bulk测序一样以组别为分析对象,因此单细胞测序项目对样本入组要求没有Bulk测序那样严格,但是单细胞测序,特别是目的为图谱研究时,需要通过提高样本复杂度(增加样本数),尽可能的构建某一疾病类型、群体细胞图谱信息。因此,单细胞测序实验设计时首先需要保证生物学重复,不同样本来源的样本建议单独进行细胞解离和捕获、建库、测序,以保证捕获到足够的细胞数,单个样本分别捕获细胞时,后续分析除了整体分析以外,还可以做单样本分析,保证分析的完备准确性。单细胞测序技术提供了单个细胞水平下的科学研究视角。

基于测序的数据能够将彰显其强大之处,因为它能够了解同一单细胞的多种生物分析指标。如果说单细胞基因表达提供了一种颜色的详细信息,那么单细胞多组学提供了同一细节的全彩色图谱,为您带来样本的真实视图。烈冰自2019年引进的BD Rhapsody单细胞平台以来,能够从同一单细胞中读取细胞复杂性的多组学特征。与传统方法不同,单细胞多组学简化了您需要开展的实验,也节省了您需要分析的样本,而能获得相同的结果。这不但节省了宝贵的样本,还保证了更高的生物学准确性,因为您不需要匹配拆分样本的数据集并通过计算来推断各个组学之间的关系。从样本处理到终端数据分析,只要您需要,烈冰提供全流程的无忧服务。温州BD VDJ单细胞服务机构

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BD Rhapsody单细胞转录组测序是利用单细胞水平上的高通量测序分析基因表达谱的技术,突破传统高通量测序的局限性,针对多种组织类型的样本,采用BD 细胞悬液制备protocol组织解离后,单个样本一次上机能捕获500-10000个细胞, 基于每个细胞分别建库测序,获得单个细胞的基因结构和基因表达状态,并鉴定细胞的类型,可以在不同样本间从细胞类型的组成和丰度角度进行比较,反映细胞间的异质性,提供足够灵活的定制测定法以满足多种实验需要,并有效缩短实验是时间和降低测序成本。陕西BD VDJ单细胞多组学测序

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