山西技术空间转录组

空间转录组技术包含两种芯片，分别为组织优化芯片（Tissue Optimization）和基因表达芯片（Library Preparation）。组织优化芯片用来摸索组织透化的比较好时间，基因表达芯片用来进行正式样本的空间转录组实验。其中基因表达芯片上有 4 个捕获区域，每个区域大小为 6.5mm×6.5mm，每个捕获区域中有 5000 个带有特异地址序列的探针簇，称为 barcoded spots，每个 spot 直径为 55um，包含数百万个用于捕获的 oligo 探针序列，相邻两个 spot 的中心距离为 100um。探针序列的结构为：测序引物结合序列，16nt 的位置序列，12nt 的 UMI 序列以及 30nt 的 oligo-dT 序列。转录本的空间位置信息可以通过在原位阵列上捕获的组织切片中的转录本来获取， 如空间转录组技术。山西技术空间转录组

和单细胞转录组一样，空间转录组也可以进行细胞间通讯分析，区别在于空间位置信息可以同时用于识别潜在的细胞间相互作用。通常通过了解配体受体（LR）对并测试 LR 对是否更有可能在邻近细胞或 spot 中表达来完成。还有很多其他类型的分析可用于空间转录组学数据，包括基因模式的识别，空间区域的转录组定义， 基因间的相互作用推断，转录本的亚细胞定位以及基于H＆E图像的基因表达估算等。1. 欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验，致力通过质量的服务，助力各位科研工作者取得新的突破。山西技术空间转录组该类工具的开发将简化不同类型空间转录组学数据的整合和分析。

欧易生物高级技术支持陈老师首先给大家介绍了空间转录组学的发展历程、测序流程及原理。紧接着，欧易生物技术支持姚老师针对目前空间转录组学发表的一系列高分文章进行了方案设计的解析。姜老师给大家详细介绍了空间转录组项目样本准备、切片、贴片等实验过程及注意事项，并带领大家到实验室实地观摩了整个实验过程，并就其中细节进行了讲解。董老师针对空间转录组10x Space Ranger的分析原理及结果进行了详细解析，并介绍了使用Seurat包进行数据挖掘的标准分析流程。

1. 空间转录组是一种用于从空间层面上解析RNA-seq数据的技术，从而解析单个组织切片中的所有mRNA。空间转录组的条形码逆转录oligo(dT)引物在显微镜载玻片表面的有序附着，空间转录组使得在mRNA样品处理和后续测序过程中位置信息的编码和获取成为可能。单细胞RNA测序或组织样本RNA测序，均无法为研究人员提供精确的空间信息。通过空间转录组技术可获取组织中具体的位置的转录信息，为研究和诊断提供有效数据支撑。10x Genomics空间转录组技术可以应用于免疫、发育、神经和病理等研究方向。空间转录组的组学板块包括cDNA的合成、扩增、接头连接和测序，记录切片的转录本信息和空间位置信息 。

空间转录组的一般流程。将准备好的新鲜冷冻组织切片放置于空间转录组芯片上。每个细胞中的RNA分子都包含着基因表达的信息。组织切片成像，以检索组织学信息。这样就可以看到一个细胞或一组细胞在组织中的位置。空间转录组芯片上含有上千个捕获的spot，这些捕获探针的 Poly-T 尾可以结合RNA分子的 Poly-A 尾。这些阵列的排列顺序就像一个棋盘，带有相同身份条形码（barcode）的探测位于同一个正方形中。这样就可以确定每个捕获探针及其结合RNA的来源。组织切片固定。该芯片包含一个与组织切片一起成像的视觉可检测框架。在未来的5-10年里，空间转录组学妥妥的是技术热点。山西技术空间转录组

空间转录组测序结果为未来人类心脏发育的研究提供重要的借鉴意义。山西技术空间转录组

空间转录组的方法和技术有哪些？广义上讲，现有的生成空间分辨转录组学的方法可分为四类：用于空间重建的计算策略和组学实验的组合，使用激光捕获显微切割（LCM）结合高通量进行直接测量，使用荧光物质的基于图像的原位转录组学 ，以及基于寡核苷酸的空间条形码再加上高通量。每种方法都有其优点和缺点。空间重构的计算策略：这种计算方法可以充分利用内在基因表达模式或共表达的趋势，从单个细胞的大量转录组数据中重构细胞间的环境。然而，这些推论方法在某些情况下*呈现空间趋势或特定组织的总体布局。基于LCM的方法：基于LCM的转录组学或基因组学成功地获得了单个细胞的空间转录组，尽管其通量很低，但是在可以标记成千上万个单个细胞位置的多路复用条形码策略可行之前，将少量细胞的数据粗略地整合到构成***的巨大背景中，可能具有一定价值。基于图像的原位转录组学：基于图像的原位转录组学在很大程度上增加了可检测区域，但也存在一些问题，例如几种smFISH方法很难从包括信号干扰、转录本积累等复杂背景中提取单个细胞。空间条形码加高通量：费用较高且无法在单个细胞中获得转录组。山西技术空间转录组

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