杭州BD空间转录组测序价格

时间:2022年08月09日 来源:

空间转录组研究的的必耍性:研究单细胞是想要探究细胞间的异质性,但是常规的单细胞是将细胞解离成单细胞悬液,然后利用单细胞分离技术(微孔,微板,液滴)等方法实现单细胞建库,这里比较大的问题是是细胞失去了原本在组织的空间信息。然而这个空间信息在实际研究中是非常重要。特别是在研究细胞命运机制及细胞谱系发生空间位置的信息显得尤为重要,因此发展空问转录组技术实现细胞的位置信息的保留,对研究此类细胞状态尤为必要。空间转录组测序以分子方式定义病理,完成了病理数字化结合病理影像化的革新。杭州BD空间转录组测序价格

为同时获得空间表达和组织学背景信息,该方案首先将FFPE组织切片置于Visium基因芯片上进行组织学染色和成像,然后利用切片下方Visium基因芯片上的探针进行表达定量。由于FFPE样本通常存在RNA高度降解的问题,针对FFPE样本的Visium空间基因表达解决方案无法像新鲜冻存组织样本一样利用完整mRNA具有的poly(dA)序列进行mRNA捕获。该方案采用针对编码基因的成对RNA模板连接探针(RTL)与mRNA杂交。左侧探针(LHS)具有部分Read 2序列,右侧探针(RHS)具有合成的poly(A)序列。左右探针与mRNA杂交后彼此连接,而mRNA被RNase降解。组织透化后,被连接的成对探针与芯片上包含空间Barcode、UMI和poly(dT)序列的引物序列捕获,并且空间Barcode和UMI序列被延伸到成对探针序列上。携带空间Barcode的探针序列用于进行测序文库构建和测序。测序序列上的空间Barcode用于将测序序列定位到组织切片图像上,UMI用于基因表达定量。合肥烈冰科技空间转录组测序服务公司烈冰生物全转录组测序通过双文库构建,实现多种RNA的一网打尽。

10xGenomics空间转录组用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域,每个捕获区域的大小为6.5x6.5mm,包含5000个被条形码标记的点(barcodedspots),每个点的直径为55μm,点和点之间中心的距离为100μm,并且每个点都有一个barcode序列。组织切片的细胞中会释放出mRNA,迁移到每个spot的mRNA会被标记上相应的barcode序列,然后进行文库构建并进行测序。根据数据的条形码信息对数据进行分析,以确定哪些数据来自哪个位置,从而实现空间基因表达的可视化。

空间组学可以应用的方向:1.可以鉴定到疾病的空间位置异质性:对于阿尔茨海默症的研宄可以探索到小神经质细胞趋向于阿尔茨海默神经班。 2.建立空间转录组图谱构建个人空间转录组图谱将极大提升科研人员对生物体组织间的细胞差异。3、描述胚胎发育及空间蓝區胚胎发育的动态过程是科研人员一直为之着迷的,空间组学发展可以清晣的描绘胚胎发育的蓝图。除了皮肤、胰腺和骨头组织外,其余样本类型均可开展10xGenomics空间转录组研究。10xGenomics公司已经测试完毕的组织类型有:人:心胜、肾胜、卵巢、乳房、淋巴结、大脑、大肠、肺、脾脏小鼠:大脑、眼睛、心胜、肾胜、大肠、肝脏、肺、卵巢,四头肌、小肠、脾胜、胃、翠丸、甲状腺、舌头大鼠:大脑、肾脏、心脏空间转录组测序机构,请认准上海烈冰生物科技。

烈冰生信团队倾情研发的NovelBrain®生信大数据分析平台,可实现零代码操作、简单方便:单细胞浏览器的操作简单,不需要命令行操作。简单拖拽、设置参数即可运行,即使生信0基础用户也可以运用自如;可视化展示海量结果文件:可视化展示Cluster的基因数,UMI数量、线粒体RNA占比信息;以及不同Cluster对应的细胞数量、基因表达量、RNA表达量、样本细胞分布、线粒体RNA表达量等;3D立体展示,文章动图先人一步:单细胞浏览器针对t-SNE图、UMAP图和pseudotime结果进行三维立体展示,更加直观立体的观察细胞分布和聚类情况。烈冰科技已建立了基于空间转录组的高通量测序实验多平台。合肥烈冰科技空间转录组测序服务公司

烈冰对于一个细胞群体中的每个细胞单独进行建库测序分析。杭州BD空间转录组测序价格

10x Genomics空间转录组测序技术通过将组织切片的高通量mRNA分析和形态学背景整合,使基因表达谱可以被定位回它们的原始空间位置。传统的空间转录组测序技术局限于冰冻组织切片。10x Genomics推出全新的针对FFPE样本的Visium空间基因表达解决方案,该技术打破从FFPE组织样本中获取空间全部转录组基因表达信息的壁垒,能够从FFPE样本中获取高灵敏度、高特异性的相关基因的表达信息,在形态学背景下实现真正的探索发现,进一步扩展空间生物学的可能性。杭州BD空间转录组测序价格

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