广州BD Rhapsody空间转录组数据分析可视化

基于桥式PCR技术的簇生成可以将模版链迅速扩增成千上万倍，保证过程中足够的测序深度。测序时使用特殊标记的dNTP：1）碱基上通过敏感键修饰上不同的荧光基团，用于区分ATCG；2）3端使用叠氮基团封闭，保证一次循环只上一个dNTP。每一轮循环结束时，会通过高速荧光显微镜记录荧光图像，再通入试剂除去荧光基团和叠氮基团，开启下一循环。通过分析读取同一位点的荧光，实时获取模版链的碱基序列。由于过程中使用的化学反应并不可控，随着循环数的增大会出现不同步的情况，因此Illumina的读长只能限制在200bp左右。空间转录组测序技术提供了空间转录组水平下的科学研究视角。广州BD Rhapsody空间转录组数据分析可视化

空间组学可以应用的方向：1.可以鉴定到疾病的空间位置异质性：对于阿尔茨海默症的研宄可以探索到小神经质细胞趋向于阿尔茨海默神经班。 2．建立空间转录组图谱构建个人空间转录组图谱将极大提升科研人员对生物体组织间的细胞差异。3、描述胚胎发育及空间蓝區胚胎发育的动态过程是科研人员一直为之着迷的，空间组学发展可以清晣的描绘胚胎发育的蓝图。除了皮肤、胰腺和骨头组织外，其余样本类型均可开展10xGenomics空间转录组研究。10xGenomics公司已经测试完毕的组织类型有：人：心胜、肾胜、卵巢、乳房、淋巴结、大脑、大肠、肺、脾脏小鼠：大脑、眼睛、心胜、肾胜、大肠、肝脏、肺、卵巢，四头肌、小肠、脾胜、胃、翠丸、甲状腺、舌头大鼠：大脑、肾脏、心脏武汉BD空间转录组多组学测序高通量测序技术是对传统测序一次翻天覆地的改变，一次对几十万到几百万条核酸序列进行测定。

转录组分析指对细胞内所有转录产物的分析。转录组测序一般是对用多聚胸腺嘧啶（oligo-dT）进行亲和纯化的RNA聚合酶II转录生成的成熟mRNA和ncRNA进行高通量测序。相对于传统的芯片杂交平台，转录组测序无需预先针对已知序列设计探针，即可对任意物种的整体转录活动进行检测，提供更精确的数字化信号，是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。FFPE空间转录组技术原理 为同时获得空间表达和组织学背景信息,该方案首先将FFPE组织切片置于Visium基因芯片上进行组织学染色和成像,然后利用切片下方Visium基因芯片上的探针进行表达定量。

烈冰与国内高校、研究所、医院和药企单位开展深度合作，服务于600+临床与研究机构，1000+客户和5000+重要科研项目，助力并联合发表300+篇CNS等国际学术期刊（不完全统计），在单细胞领域，烈冰助力用户发表单细胞文献30+篇，总IF＞300+，IF＞10+以上文章占比65%以上，包含Immunity、NatureCellBiology、NaturePlants、AdvancedScience等生物领域国际主流学术期刊，已发表文章研究领域涵盖包括COVID-19研究、疾病发生转移机制，免疫研究、脑神经、白血病、胚胎发育、糖尿病、退行性疾病和植物领域研究等。十二年测序经验，累计服务与5000余项重要科研项目。

当前的技术主要有四种策略：1、基于组学实验结合空间重建的计算策略这种计算方法可以充分利用内在基因表达模式或共表达的趋势，从单个细胞的大量转录组数据中重构细胞间的环境。然而，这些推论方法在某些情况下只呈现空间趋势或特定组织的总体布局。2激光切割与NGS测序结合的策略基于LCM的转录组学或基因组学成功地获得了单个细胞的空间转录组，尽管其通量很低，但是在可以标记成千上万个单个细胞位買的多路复用条形码策路可行之前，将少量细胞的数据粗略地整合到构成组织的巨大背景中，可能具有一定价值。3、基于荧光物质原位的转录组学基于图像的原位转录组学在很大程度上增加了可检测区域，但也存在一些问题，例如几种smFISH方法很难从包括信号干扰、转录本积累等复杂背景中提取单个细胞。4、基于身核苷酸的空间条码加上NGS测序。烈冰一站式多平台测序服务：立足科学研究，解码生命本质。上海烈冰空间转录组测序

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冰冻切片的空间转录组测序在RNA捕获、文库构建方面，需要将组织切片贴合在带有mRNA结合捕获探针的载玻片上，通过甲醛固定、H&E染色得到组织切片的形态结构。再进行透化处理，使细胞中的mRNA释放，并结合到芯片相邻的捕获探针上。将捕获的mRNA反转录合成cDNA并构建测序文库进行上机测序，从而获取基因表达信息。总体来说，空间转录组的实验流程包括：组织冻存-OCT包埋-冷冻切片-固定染色-组织透化-cDNA合成及建库-上机测序，而需要客户进行样本准备的步骤相对简单：组织冻存与OCT包埋。广州BD Rhapsody空间转录组数据分析可视化

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