无锡上海烈冰生物空间转录组平台

时间:2022年08月30日 来源:

高通量测序技术(High-throughputsequencing)又称“下一代”测序技术(“Next-generation”sequencing),以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。高通量测序技术是对传统测序一次颠覆性的改变,一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,因此在有些文献中称其为下一代测序技术(nextgenerationsequencing)足见其划时代的改变,同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,所以又被称为深度测序(deepsequencing)。而烈冰科技具有专业生物背景和十二年科研服务经验,已助力Nature,immunity等在内的300+篇CNS文章发表。个性化制定测序项目方面,满足从检测基因到蛋白的多组学测序要求。无锡上海烈冰生物空间转录组平台

空间转录组测序在病理学中,通过添加基因表达维度,得出形态学结论,通过观察基因表达区域,了解可能发生假阴性/假阳性的位置; 在免疫学,研究免疫细胞浸润、不同区域的免疫细胞中的基因表达特征;免疫群体扩散、不同类型免疫细胞的空间位置解析; 在神经科学,研究大脑皮层层状组织解析,揭示大脑皮层的结构-功能关系,正常vs.疾病大脑结构特征分析与疾病相关的基因表达于特定的大脑皮层; 在发育生物学,通过解析每个发育阶段不同解剖区域特有的基因表达特征,解析组织中与形态形成相关基因;丰富基因表达的空间注释信息,创建组织发育的空间细胞图谱。苏州空间转录组商业化服务经验丰富的实验团队,为获得示组织内真实表达水平的高质量冷冻切片提供硬件和技术保障。

单细胞测序是指针对单个细胞进行全转录组测序分析,可精确地描述每一个细胞的状态,在异质性发育过程中具有不可忽视的应用价值。然而,单细胞测序无法给出固态异质化组织中细胞空间排布信息,对于揭示发育过程、病理微环境都存在很大的局限性。空间转录组测序以点阵形式记录病理切片细胞的空间信息并进行测序,可以精确指示点阵内的全部基因表达情况。空间转录组测序的加入,无疑让单细胞测序如虎添翼,更精确地勾勒了组织水平的异质性。

当前的技术主要有四种策略:1、基于组学实验结合空间重建的计算策略这种计算方法可以充分利用内在基因表达模式或共表达的趋势,从单个细胞的大量转录组数据中重构细胞间的环境。然而,这些推论方法在某些情况下只呈现空间趋势或特定组织的总体布局。2激光切割与NGS测序结合的策略基于LCM的转录组学或基因组学成功地获得了单个细胞的空间转录组,尽管其通量很低,但是在可以标记成千上万个单个细胞位買的多路复用条形码策路可行之前,将少量细胞的数据粗略地整合到构成组织的巨大背景中,可能具有一定价值。3、基于荧光物质原位的转录组学基于图像的原位转录组学在很大程度上增加了可检测区域,但也存在一些问题,例如几种smFISH方法很难从包括信号干扰、转录本积累等复杂背景中提取单个细胞。4、基于身核苷酸的空间条码加上NGS测序。基因测序相关产品和技术已由实验室研究逐渐演变到临床应用,是下一个改变世界的技术。

烈冰提供空间转录组全流程服务,包括样本包埋、贴片、选片、HE染色、拍照成像、组织透化、建库测序以及后续的FISH验证等各个步骤,为您提供无忧服务。烈冰搭建了以莱卡CM1950冷冻切片机、尼康多荧光通路全自动扫描显微镜、3Dhistech-midi数字扫描仪为基础的先进实验平台,并制定严格规范的实验室SOP,经过大量的切片、贴片实操演练,对不同类型组织的切片厚度、温度进行优化,确保获得更好质量的冷冻切片。利用NovelBrain云分析平台,搭建0代码需求的空间转录组分析流程,准确快速解析空间转录组数据。取同一样本组织的相邻区域进行单细胞转录组测序,通过单细胞转录组数据和空间转录组数据的整合分析,判定空间区域内的细胞类别,精确解析组织空间内的异质化信息。从样本处理到终端数据分析,只要您需要,烈冰提供全流程的无忧服务。无锡BD空间转录组测序价格

测序可准确地分析基因表达差异、基因结构变异、筛选分子标记(SNPs或SSR)等生命科学重要问题。无锡上海烈冰生物空间转录组平台

烈冰生物生信分析团队紧追国际前沿、整合添加多项国际期刊认可的空转分析工具,构建一套完整的数据分析流程;精心研发空转结果浏览器,可同步展示空间转录组与单细胞测序分析结果,详细深入地解析空间转录组数据。完成从Rawdata(原始数据)到Spot-Gene的具有定位信息的表达矩阵的过程后,就进入了空转的第二步,去进行Spot的Cluster的过程,熟悉单细胞测序的研究者知道,Cluster在单细胞测序中往往表示为细胞的类型,也就是说能聚在一起采用算法分为一个群体细胞是一个Celltype(当然分情况也会有不同)。而在空转中,也正是由于前面提到了细胞的非单一性,导致了这里的分群并不是单纯的同一细胞类型,而应该认为是具有相同细胞组成的点阵区域,或者说是近似的组织结构区域。无锡上海烈冰生物空间转录组平台

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