南京single cell 单细胞多组学测序服务

时间:2022年09月02日 来源:

高通量测序技术(High-throughputsequencing)又称“下一代”测序技术(“Next-generation”sequencing),以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。高通量测序技术是对传统测序一次颠覆性的改变,一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,因此在有些文献中称其为下一代测序技术(nextgenerationsequencing)足见其划时代的改变,同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,所以又被称为深度测序(deepsequencing)。而烈冰科技具有专业生物背景和十二年科研服务经验,已助力Nature,immunity等在内的300+篇CNS文章发表。单细胞转录组技术在多个研究领域都发挥了重要的推进作用,揭示了组织中微量的细胞类型和基因表达特征。南京single cell 单细胞多组学测序服务

reads数、基因表达量及细胞数量判定过程中:以捕获5000个细胞、100G的测序量为标准,每个细胞的reads数大约在50k左右;每个细胞的基因中位数取决于样本的细胞类型,例如成熟的B,T,粒细胞数量较多的组织中,由于该类型细胞表达的基因数普遍较少,导致基因中位数下降。而某一疾病组织、或者体外培养的如干细胞等,他们的基因表达数较高,甚至可以超过1万,这就导致该类样本基因中位数非常高。因此,我们对细胞数量以及基因中位数确认时,需要考察实际组织的细胞组成。合肥烈冰科技单细胞多组学多组学测序目前已应用的单细胞多组学联合分析包括转录组和基因组,转录组和DNA甲基化、转录组和蛋白组。

烈冰生信团队倾情研发的NovelBrain®生信大数据分析平台,可实现零代码操作、简单方便:单细胞浏览器的操作简单,不需要命令行操作。简单拖拽、设置参数即可运行,即使生信0基础用户也可以运用自如;可视化展示海量结果文件:可视化展示Cluster的基因数,UMI数量、线粒体RNA占比信息;以及不同Cluster对应的细胞数量、基因表达量、RNA表达量、样本细胞分布、线粒体RNA表达量等;3D立体展示,文章动图先人一步:单细胞浏览器针对t-SNE图、UMAP图和pseudotime结果进行三维立体展示,更加直观立体的观察细胞分布和聚类情况。

烈冰生信团队倾情研发的NovelBrain®生信大数据分析平台,针对庞大的单细胞测序数据,能够实现细胞类型鉴定的快、精、准:一键导入genelist构建个性化基因列表;轻松一点即可展示Marker基因的Featureplot;任意修改Cluster的颜色和名称助力高效鉴定细胞类型;一键获得t-SNE图、Heatmap和Violin图:轻松获得并下载基因表达的t-SNE图、Heatmap、Violin图,还可以通过调节宽、高和系数比例来调节美观。平台上线300+task自主分析工具、50+pipeline工作流模板,帮助烈冰生信分析团队和自主分析用户实现分析工具和模板的快速调用和一站式全流程自动化分析,节省您的工作时间并提升整体工作效率。以单细胞转录组为中心的多组学联合分析有利于更好地理解基因变化与表型变化之间的关联性。

单细胞测序结果动辄上百G数据量,庞大的数据对于分析平台和分析能力有着很高的要求,首先针对下机数据的质控环节:单细胞测序产生数亿的结果序列,不可避免的会出现低质量的测序结果,存在各种情况的序列污染。因此序列过滤及质量评估就会变得极为重要。序列质量主要通过测序质量值Q20/Q30的占比来表征,即碱基测序结果的错误率在1%/0.1%以下的比例。理想的测序结果reads的碱基质量均高于30。保证数据获得后第一步的处理结果的准确性,为后续细胞类型鉴定准确和功能分析打下坚实基础。功能研究型单细胞多组学测序技术结合了CRISPR基因编辑技术, 深度挖掘基因表达调控与细胞功能。上海single cell RNA单细胞多组学平台

烈冰专精单细胞多组学测序领域。南京single cell 单细胞多组学测序服务

BDRhapsody单细胞分选系统集成了荧光显微成像系统,可以对不同荧光标记的细胞进行检测并计数。在进行质量评估之前,首先要将细胞的培养体系更换成上机所需的Buffer。在这个过程中,需要进行多次离心、重悬操作,烈冰Novelbio单细胞实验团队推荐采用水平转子离心机来进行这步操作。这种离心机可以有效减少细胞在多次更换Buffer过程中的损失,尤其是对于细胞量较少的样本来说,显得非常有必要。更换完Buffer之后,还需要将细胞进行过筛操作,去除较大的细胞团,获得较为纯净的单细胞悬液。南京single cell 单细胞多组学测序服务

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