河南深度测序分析技术

一直以来，病毒基因组测序都是疾病诊断、流行病学调查和宿主-病原关系研究的重要手段。病毒的全基因组测序以及对应的生物信息学分析方法是研究病毒进化、毒力因子变异、疫病爆发之间的关系、疫病传播途径、不同遗传变异的分布模式、疫病发生地理区域的基础。与传统Sanger测序相比，NGS技术的发展使得一个小的研究小组可以拥有大量病毒株的全基因组序列，测序成本也在逐步降低。由于NGS产生的数据量非常庞大，其序列拼接难度也随之增加。而且对于低浓度高复杂度的样本，研究者除了PCR外别无他法。而PCR方法往往具有偏好性，丢失的片段将为序列组装带来非常高的失败率。对于完全未知的样本，无法通过PCR进行富集，要鉴定其种类需要调用各种方法，逐个尝试，工作量之大，其效率之低，使得一个新的研究方法的出现及其必要。

病毒基因组测序是疾病诊断、流行病学调查和宿主-病原关系研究的重要手段。河南深度测序分析技术

二代测序可以用于对病毒的全基因组进行测序有哪些挑战？二代测序相较sanger测序，差异主要就是单次运行可以获得海量的数据量，因此也称为高通量测序。想要通过高通量测序获得病毒全序列，需要经历：核酸纯化-文库构建-生物信息学分析这三大基本流程。而高通量测序技术本身并不是以病毒为目标开发的，因此每个环节都是挑战。核酸纯化步骤决定了Input核酸的起始浓度和总量，从而决定了文库构建的成败、质量和产量；文库的好坏决定了数据的质量和产出；而数据的质量产出直接影响分析结果。样品一般核酸浓度很低，且带有大量宿主污染，因此实验部分和分析部分都比较困难。探普生物基于这些困难点，进行了大量有针对性的研发和测试，开发了全套的实验和分析流程用于对病毒的全基因组进行测序，该流程自运行以来广受研究者们好评。

国内深度测序价格全基因组测序通过运用新一代高通量DNA测序仪，进行10到20倍覆盖率的个人全基因组测序。

病毒（Virus）由一种核酸分子（DNA或RNA）与蛋白质（Protein）构成或由蛋白质构成（如朊病毒）。根据遗传物质的组成，可分为单链DNA病毒（ssDNA）、双链DNA病毒（dsDNA）、单链RNA病毒（ssRNA）、双链RNA病毒（dsRNA）和蛋白质病毒（如朊病毒）。根据宿主类型的不同，可以分为噬菌体（细菌病毒）、植物病毒（烟花叶病毒）和动物病毒（如禽流感病毒、天花病毒和HIV等）。病毒全基因组测序（VirusWholeGenomeSequencing，VWGS），是指基于第二代高通量测序技术，对病毒全基因组进行测序，利用生物信息分析手段，得到病毒的全基因组序列，解析编码信息，并获得相应的变异信息。

深度测序技术对经济市场具有的影响：未来社会的创新驱动将由信息技术向心理社会健康方面转移。可以预见，全球老年化社会到来后的经济主战场将是健康行业，而以基因测序预测健康和临床准确分型的市场将会越来越大。深度测序相关的经济市场有两个方面。一是测序仪器和技术相关的市场，二是测序应用市场的竞争。一个显见的例子是，近年来深度测序技术促进了对肺病的进一步认识和分型，更多的位点突变如ALK、ERCC1、MET、PI3K、RRM1等被陆续发现，多基因检测肺病致病驱动基因对医生准确选择靶向药物十分重要。以肺病中常见的EGFR突变型为例，对于敏感性基因突变（19Del+L858R），第1代靶向药物（如易瑞沙等）可以进行良好的调整和控制；但是对于耐药性基因突变（T790M），则需要第三代靶向药物（AZD9291）才有较好的临床效果。不久的将来，病症患者将获得更具个性化的药物，从而达到准确医疗。通过对病毒全基因组高通量测序可以在较短时间内获取病毒的全部基因信息，解释病毒的来源。

未培养病毒基因组的信息标准：①关于未培养病毒基因组标准的信息是在基因组标准框架内制定的，包括病毒起源、基因组质量、基因组注释、分类信息、生物地理分布和宿主预测；②UViGs有助于提高我们对病毒进化历史和病毒-宿主之间相互作用的理解；③病毒基因组组成和内容、复制策略和宿主的异常多样性意味着UViGs的完整性、质量、分类学和生态学需要通过病毒特异性指标来评估；④分析不同大小和不同样品类型的UViGs对于探索病毒基因组序列空白是有价值的。

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病毒准种的漂变将使毒株的特点及传播方式发生改变，给现有的检测手段和防治措施带来严峻的挑战。新一代高通量测序技术的出现使得检测某个物种的混合PCR产物中低频率的变异体十分便利它的出现加快了研究准种的规律性和影响因素的步伐。新一代测序仪将以往的测序费用降低了好几个数量级。鉴于此，以前只有大型测序中心才能够开展的项目，现在在小型实验室里也能顺利进行了，按照目前的发展速度，新一代高通量测序技术有望给生物学和生物医学研究领域带来**性的变革。河南深度测序分析技术

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