微生物多样性测序技术

在传统的诊断检测中对病原体的诊断检测是通过体外培养的方式进行，但是不同微生物的培养条件不一样；不同的微生物的培养技术要求也不一样；同时，体外培养受时间、空间和培养技术人员的限制。宏基因组分析技术是一种的病源体诊断检测技术，可以在不通过任何培养过程的条件下，通过基因序列的比对，发现和鉴别罕见病源体引起的疾病，从而针对性地使用药物，使病源微生物传染所形成的疾病的准确、高效。元基因组（宏基因组）学研究不要求对每个微生物进行分离、纯化和培养，而是直接从样品中提取基因组DNA后进行测序分析。通过元基因组测序，能够揭示微生物群落多样性、种群结构、进化关系、功能活性及环境之间的相互协作关系，极大地扩展了微生物学的研究范围。宏基因组测序以特定环境中的整个微生物群落作为研究的对象，不需对微生物进行分离培养。微生物多样性测序技术

宏基因组是指特定环境中全部微生物遗传物质的总和，宏基因组测序以特定环境中的整个微生物群落作为研究的对象，不需对微生物进行分离培养，而是提取环境微生物总DNA进行研究。其摆脱了传统研究中微生物分离培养的技术限制，在基因组水平解读微生物群体的多样性和丰度，探索微生物与环境及宿主之间的关系。目前，第二代高通量测序技术在宏基因组的研究上已被普遍应用。第二代高通量测序平台具有通量高、准确性高、速度快、信息全等特点，加快了宏基因组测序在鉴定低丰度的微生物群落，挖掘更多基因资源方面的应用。成都皮肤微生物多样性测序排行高通量测序技术对核酸进行测序是非特异的,因此,对一无所知的核酸也可以实现鉴别。

病毒宏基因组测序是在宏基因组学理论的基础上,结合现有的病毒分子生物学检测技术而兴起的一个新的学科分支。而所谓宏基因组学(metagenomics)就是一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象,以功能基因筛选和测序分析为研究手段,以微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系为研究目的的新的微生物研究方法。一般包括从环境样品中提取基因组DNA,克隆DNA到合适的载体,导入宿主菌体,筛选目的转化子等工作。

状病毒的发现，病原宏基因组测序功不可没。对一种新病毒进行鉴定和检测，其中非常关键的步骤就是获得病毒的全基因组信息。在此次病情监测和防控中，病原宏基因组测序发挥了至关重要的作用，利用其技术优势，研究人员在五天内就鉴定并分析出冠状病毒的基因组，而2003年SARS的鉴定耗时5月余、2013年H7N9的鉴定耗时1月余。冠状病毒2019-nCoV为线性单链RNA（ssRNA）病毒，基因组全长包含29903个核苷酸，10个基因。病毒基因组序列为进一步分析其传染机理，传播途径，药物靶点等提供了有利的支持。微生物鉴定可以用微生物对噬菌体的敏感性作为指标来鉴定微生物的种属。

病毒宏基因组学中包含兆级的短序列片段（Reads）。通过不同的序列拼接软件将Reads拼接较长的DNA序列片断（Contigs）。数据组装可通过K-mer分析评估各个样品的测序深度，通过对SOAPdenovo设置不同K值，筛选较好组装结果，对较好组装结果进行校正，并统计Reads利用率。接着利用已测序生物体的DNA序列构建数据库，将拼接后的Contigs通过不同的鉴定方案，与数据库里的DNA序列信息进行比对，确定该序列来自的生物群落，筛选有用的基因信息。此外，还可以用一些工具对序列进行基因预测（如Metagene、GeneMark、FragGeneScan等）。微生物鉴定的用途：医疗保健：准确、快速地鉴定细菌和寄生虫，来进行正确和及时的疾病诊断。广州口腔微生物测序

有很多微生物通过传统技术是无法鉴别的。微生物多样性测序技术

上海探普生物科技有限公司对样本进行宏病毒组测序有什么优势？全国开设病毒宏基因组测序的公司不超过3家，只有探普生物是专门为病毒研究者服务的，探普生物的研发团队和实验团队都来自全国各地病毒学、微生物学专业的高校，硕士及以上学历成员超过60%，团队具备普通测序实验和分析基础之外，同时具备病毒学及微生物学的学术背景，相当了解病毒相关样本情况、研究方向等。研究者在项目咨询的时候就可以明显感觉到探普生物的专业性，沟通顺畅，省时又省力。微生物多样性测序技术