杭州定制化代谢通路富集分析哪家好

基因功能富集分析的冗余性问题：目前几乎所有的功能富集方法都是对待测基因功能集进行独自检验，而现有的基因功能注释数据库中的基因功能集都存在一定的冗余现象，也即基因功能集之间存在较多的共同基因，因而也会导致富集的基因功能集之间出现冗余现象．以GO数据库为例，由于GO数据结构中的GO条目存在父子关系，有些GO条目间的共同基因比较多，使得GO富集结果的冗余现象尤为明显﹑富集结果的冗余现象对结果的解读造成一定的困扰，难以准确揭示生物学机制.针对这一问题,现在已有一些初步的解决方案．一种是在富集分析时，不把基因功能集进行独自检验，而是把所有基因功能集作为一个整体来进行富集分析。基因集富集分析用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势。杭州定制化代谢通路富集分析哪家好

富集分析的FCS法：具体步骤：根据案例和对照状态下的基因表达谱对基因组中所有基因表达水平的差异值进行打分或排序，或直接输入排序好的基因表达谱。把待测基因功能集中的每个基因的分数通过特定的统计模型转换为待测基因功能集的分数或统计值。利用随机抽样获得的待测基因功能集统计值的背景分布来检验实际观测的统计值的明显水平，并判断待测基因功能集在案例和对照实验状态下是否发生了统计上的明显变化。优点：相较于ORA 法在理论上有明显突破, 考虑到了基因表达值的属性信息, 以待测基因功能集为对象来进行检验, 也使得检验结果更加灵敏。缺点：仍独自分析每一条通路，但同一个基因可能涉及多条通路，所以不同通路间的基因出现重叠，所以别的通路可能由于重叠的基因，也出现明显富集；仍然把待测基因功能集中的每个基因作为独自的个体, 忽略了基因的生物学属性和基因间的复杂相互作用关系。石家庄代做基因通路富集分析找谁利用富集分析方法，对基因注释数据库做生物信息学研究产生了很多富集分析工具。

除了对特定gene set的分析，反过来GSEA也可以用于发现两组样本从表达或其它度量水平分别与哪些特定生物学意义的基因集有明显关联，或者发现哪些基因集的表达模式或其他模式更接近于表型A、哪些更接近于表型B。这些特定的基因可以从GO、KEGG、Reactome、hallmark或MSigDB等基因集中获取，其中MSigDB数据库整合了上述所有基因集。研究者也可自定义gene set (即新发现的基因集或其它感兴趣的基因的)。GSEA分析似乎与GO分析类似但又有所不同。GO分析更加依赖差异基因，实则是对一部分基因的分析 (忽略差异不明显的基因)，而GSEA是从全体基因的表达矩阵中找出具有协同差异 (concordant differences)的基因集，故能兼顾差异较小的基因。因此二者的应用场景略有区别。另外GO富集是定性的分析，GSEA考虑到了表达或其它度量水平的值的影响。另外，对于时间序列数据或样品有定量属性时，GSEA的优势会更明显，不需要每个分组分别进行富集，直接对整体进行处理。可以类比于之前的WGCNA分析。

基因集富集分析能帮助生物学家在两种不同的生物学状态 (biological states)中，判断某一组有特定意义的基因的表达模式更接近于其中哪一种。因此GSEA是一种非常常见且实用的分析方法，可以将数个基因组成的基因集与整个转录组、修饰组等做出简单而清晰的关联分析。除了对特定gene set的分析，反过来GSEA也可以用于发现两组样本从表达或其它度量水平分别与哪些特定生物学意义的基因集有明显关联，或者发现哪些基因集的表达模式或其他模式更接近于表型A、哪些更接近于表型B。这些特定的基因可以从GO、KEGG、Reactome、hallmark或MSigDB等基因集中获取，其中MSigDB数据库整合了上述所有基因集。研究者也可自定义gene set (即新发现的基因集或其它感兴趣的基因的)。基因富集分析基本流程：首先通过生物学实验或计算机算法等手段，获取到一组基因。

要计算通路的富集分数（ES），GSEA逐步从顶部到底部检测rank list的基因，如果基因是该通路的一部分则增加ES，否则降低分数。这些运行总和值是加权的，因此放大了top（和bottom）排序基因的富集，而中等水平基因的富集则没有被放大。ES分数被计算为运行总和的很大值并相对于通路大小进行归一化，从而得到标准化的富集分数（NES），其反映了列表中通路的富集。正NES值和负NES值分别表示列表顶部和底部的富集。一个基于置换的p值被计算，并用多次测试进行矫正以产生基于置换的错误发现率Q值，Q值的范围从0（非常明显）到1（不明显）。从排序基因列表的底部开始进行相同的分析，以鉴定在列表底部富集的通路。使用FDR Q值阈值（例如，Q <0.05）选择所得到的通路并使用NES进行rank。 通过基因通路富集分析，我们可以初步分析基因可能参与的生物学过程或者信号通路。沈阳代做kegg pathway富集分析靠谱吗

基因通路富集分析一般是高通量实验，如基因芯片，RNA-Seq，蛋白质组学的后续步骤。杭州定制化代谢通路富集分析哪家好

KEGG数据库是系统分析基因产物在细胞中的代谢途径以及这些基因产物功能的数据库。KEGG该数据库有助于把基因及表达信息作为一个整体的网络进行研究。KEGG整合了基因组、化学分子和生化系统等方面的数据，包括代谢通路、药物、疾病、基因序列及基因组等。在生物体内，不同的基因产物相互协调来行使生物学功能，对差异表达基因的通路注释分析有助于进一步解读基因的功能。对差异表达基因KEGG的注释结果按照KEGG中通路类型进行分类。分析差异表达蛋白在某一通路上是否过出现即为差异表达蛋白的通路富集分析。杭州定制化代谢通路富集分析哪家好

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