苏州10x单细胞测序公司

时间:2022年04月10日 来源:

单细胞RNA测序:直接对细胞的蛋白分析是困难的。细胞蛋白质结构极其复杂,分离这些蛋白又是极其困难的事情,这使得我们无法对单个细胞的蛋白质精确分析。我们没有必要蹲在蛋糕店门口数有多少个客人买了蛋糕,找到账本是更快捷的方式:科学家们便将目光瞄准在决定蛋白质表达的“账本”mRNA上。mRNA是基因表达的信使,当一个基因需要被翻译成蛋白时,会先转录出对应的mRNA。一个蛋糕店什么蛋糕在热卖,分析后厨订单的打印数量即可:我们也能分析mRNA的种类与数量,判断一个细胞的运行情况。相比于蛋白质,mRNA信号能够精确放大,使得单细胞RNA测序技术能够更容易得出细胞表达蛋白质种类及数量,从而判断细胞潜在的功能。哺乳动物早期胚胎发育阶段的细胞数量极为稀少,其转录组分析尤其需要单细胞 RNA-Seq 技术。苏州10x单细胞测序公司

单细胞测序技术噪音:从流程中可以看到,实验操作还是很复杂的,这些实验技术带来的noise也使得下游的数据分析过程面临更多的挑战。在数据分析之前, 我们需要考虑一些常见的Technical noise 包括:细胞的完整性:在细胞分离和建库的过程中,可能会掺入死细胞,或者多个细胞被捕获在同一个液滴中(doublets or multiplets)。 批次效应(batch effect):类似于bulk RNA-seq, 细胞在被分组处理时,外在环境差异可能导致实验数据产生批次差异。对于droplet-based scRNA-seq,并不是所有的mRNA分子都能被捕获到, 并且由于测序深度比较浅, 一般来说每个细胞能检测到10~50%的转录本,这导致细胞中许多基因计数为0, 给之后分析工作增加了很大的计算负担。苏州10x单细胞测序公司单细胞测序中以MDA为的等温法虽然对基因组的覆盖程度较好,但是一致性较差。

单细胞技术揭示细胞的异质性、细胞分化、发育过程中不同的生理状态下的变化、疾病发生病变等生物学过程。单细胞转录组测序主要应用方向:大规模细胞图谱构建;特定组织裂解后通过单细胞测序获得单细胞转录组图谱,并基于每个细胞基因表达谱数据进行细胞类型聚类,分析研究复杂中不同细胞亚型的功能,了解细胞间的差异以及各种细胞群体间的协作关系。细胞亚群细化&稀有细胞类型鉴定;在单细胞类型聚类基础上,依照已知细胞类型标志基因表达情况和新基因表达情况,进一步细分细胞类型并发现新的细胞亚群,分析各个小亚群细胞差异,小亚群细胞和稀有细胞类型在生物学过程参与的功能。

单细胞分析技术飞速发展,这都多亏了分析工具的快速发展,如细胞分离、微流体、单细胞测序等。目前,单细胞分析的应用已涉及多个的领域,包括基础研究型应用,如病症、免疫学、神经病学、干细胞等;临床应用,如无创产前诊断、体外受精、循环瘤细胞细胞(CTCs)等。单细胞基因组旨在通过组学方法研究单个细胞。近年来随着技术的发展,这一年轻的领域正在迅速成熟起来。单细胞基因组研究的前身可以追溯到用芯片检测单细胞的基因表达。不过,新一代DNA测序才是单细胞基因组学的大功臣,这些技术的出现让单细胞基因组研究很终一飞冲天。如今,单细胞RNA-seq已经成为了成熟的日常操作,其他形式的单细胞分析开始百花齐放,包括单细胞分离和捕获以及单细胞的DNA、蛋白质、染色质修饰等等。单细胞测序以单个细胞为单位,通过全基因组或转录组扩增,进行高通量测序。

单细胞测序技术的出现,使得从混杂的样品中筛选出异质性信息的难题得以解决,该技术的成熟使用也必将生命科学研究向前迈进一大步。那么单细胞测序又是如何实现的呢?我们以单细胞RNA-seq作为例子,简单的来介绍一下该技术得以实现的原理:将单细胞分离出来,单独构建测序文库,并进行测序。这种思路通量极低而且成本极高,如前文所说烧掉很多钱就测数十个细胞,而往往这数十个细胞还不足以反应真实的科学问题。所以我们着重介绍第二种方案。基于标签的单细胞识别。它的重点思想是:在对每个细胞的mRNA测序前做逆转录时,为其加上的标签序列。这样即便是混合起来测序,我们也可以把携带相同标签序列的RN段视为来自同一个细胞。通过这种策略,我们可以通过一次建库,测得上万个单细胞的信息。针对单个细胞进行的测序就是单细胞测序,如果是对多个细胞或者一群细胞的测序,就不是单细胞测序。苏州10x单细胞测序公司

目前单细胞RNA测序有很多分支。苏州10x单细胞测序公司

实际上,包括单细胞测序在内的单细胞分析的意义,现在还存有争议。我就认识一位老师,他不太认同单细胞分析的意义,觉得没必要对单个细胞进行如此深入的分析。但随着单细胞相关的研究越来越普遍,越来越深入,应该会有越来越多的人认可它的意义。单细胞测序的意义的根本在于细胞的异质性。就是说,细胞与细胞之间存在个体差异性,即便是出于同一位置的细胞,也可能在基因表达等方面存在一些差异。这一点,高赞回答也提到了。对细胞群体的研究,只能得到这群细胞平均化的结果。而这结果是掩盖了细胞异质性的。两个具体的例子。一是细胞分类。以往我们在对细胞进行分类时,往往依据的是细胞的空间位置、形态等特性,这种分类方式相当地简单粗暴。进行单细胞水平的RNA测序或DNA测序,有助于实现更为细致和严谨的细胞分类,尤其是对于比较复杂的组织,单细胞测序能促进人们更深入地了解细胞与细胞的功能。苏州10x单细胞测序公司

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