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Real-time PCR从用途上分可以分为定性分析和定量分析：定量分析可以分为定量和相对定量两种。定量指的是我们想知道某个基因在初始样品中具体的拷贝数或浓度是多少？定量实验必须使用已知拷贝数的标准品，必须做标准曲线。而相对定量是指我们想知道某一个基因在不同样品中表达量的差异，其目的是测定目的基因在两个或多个样本中的含量的相对比例，而不需要知道它们在每个样本中的拷贝数。举例来说，如研究项目中包括使用高盐胁迫处理的样本和未高盐胁迫处理的样本，记为已处理样本和未处理样本，通常可以将未处理样本指定为基准，规定其目的基因浓度为100%，用已处理样本的定量结果除以未处理样本的定量结果，就可以计算每个已处理样本的基因含量相对于未处理样本的百分比。相对定量可以应用于差异显示结果验证、基因芯片结果验证、siRNA效果确认、mRNA表达量分析等等。重叠延伸聚合酶链反应可以将缺失、插入或点突变引入DNA序列。南京组织PCR检测技术技术服务

引物的设计注意事项：1，引物设计要跨内含子，不能在一个外显子上（我们的实验是以cDNA为模板来扩增的，如果有DNA污染的话，因为DNA上含有分子量很大的内含子，不可能完成扩增。这对我们消除整个实验的误差起很大的作用）。2，引物设计的时候要尽可能设计在同一退火温度，方便于以后同时扩增很多不同的基因片段。但是如果相差比较大，就得分开做，浪费模板，浪费管家基因，所以每个实验室设计引物的时候要尽可能一致，这样就不用每次查退火温度，且对整个实验有利。南京组织PCR检测技术技术服务逆转录-聚合酶链反应较广用于表达谱，以确定基因的表达或鉴定RNA转录物的序列。

Real-time PCR原理：所谓实时荧光定量PCR技术，是指在PCR反应体系中加入荧光基团，利用荧光信号积累实时监测整个PCR进程，通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。DNA结合染料法，应用一种带有荧光的、非特异的DNA结合染料检测PCR过程中积累的扩增产物。检测所有双链DNA扩增产物，包括非特异反应产物，如引物二聚体。可对任何双链DNA进行定量；不需要探针，因此减少了实验设计及运转成本；适合于大量基因的分析；简单易用。实时荧光定量PCR：实时荧光定量PCR（QuantitativeReal-time PCR）是一种在DNA扩增反应中，以荧光化学物质测每次聚合酶链式反应（PCR）循环后产物总量的方法。通过内参或者外参法对待测样品中的特定DNA序列进行定量分析的方法。Real-time PCR是在PCR扩增过程中，通过荧光信号，对PCR进程进行实时检测。由于在PCR扩增的指数时期，模板的Ct值和该模板的起始拷贝数存在线性关系，所以成为定量的依据。

聚合酶链式反应：因为PCR扩增了目的DNA区域，所以PCR可以用于分析极少量的样品。这对于法医检定法，当时只有微量的DNA可作为证据。聚合酶链反应也可用于分析古代DNA那已经有数万年的历史了。这些基于聚合酶链反应的技术已经成功地应用于动物身上，例如四万年前猛犸，以及人类DNA，定量聚合酶链反应或者实时聚合酶链反应不要与逆转录-聚合酶链反应方法混淆)允许估计样品中存在的给定序列的量——这种技术通常用于定量确定基因表达的水平。定量PCR是一种已建立的DNA定量工具，用于测量每轮PCR扩增后DNA产物的积累。聚合酶链反应的试剂应分配到一次性的等分试样中。PCR反应的关键环节有模板核酸的制备，引物的质量与特异性，酶的质量及溴乙锭的使用。

聚合酶链式反应生物学研究的历史中占据了重要的地位。以此为基础发展出包括Real-time PCR在内的多项应用技术。自诞生后Real-time PCR技术持续发展，从简单的增扩到整个PCR过程，Real-time PCR表现出比PCR更敏感、更明确的定量分析特性和对识别等位基因的能力。不少人以为real-time就是意味着可以在显示器上看到每个循环增扩曲线的增长。事实并非如此，早期的软件不能在运行期间提供可视化的增扩曲线。主要是因为SDS软件采用整个平台较终的数据执行数据分析工作，而不是分析每个单独的反应循环。对某些设备来说，必须向分析软件提供实时的数据，有些设备则不需要。前一种设备允许软件实时跟踪每个加样口的增扩曲线，同时显示在电脑屏幕上。聚合酶链反应非常敏感，有可能产生数百万到数十亿份特定产品的拷贝，用于测序、克隆和分析。南京组织PCR检测技术技术服务

聚合酶链反应应经常使用带有一次性柱塞和超长移液器吸头的移液器。南京组织PCR检测技术技术服务

Real-time PCR链反应注意事项：在实验过程中要防止RNA的降解，保持RNA的完整性。在总RNA的提取过程中，注意避免mRNA的断裂；为了防止非特异性扩增，必须设阴性对照；内参的设定：主要为了用于靶RNA的定量。常用的内参有G3PD（甘油醛-3-磷酸脱氢酶）、β-Actin（β-肌动蛋白）等。其目的在于避免RNA定量误差、加样误差以及各PCR反应体系中扩增效率不均一各孔间的温度差等所造成的误差；PCR不能进入平台期，出现平台效应与所扩增的目的基因的长度、序列、二级结构以及目标DNA起始的数量有关。故对于每一个目标序列出现平台效应的循环数，均应通过单独实验来确定；防止DNA的污染：采用DNA酶处理RNA；在可能的情况下，将PCR引物置于基因的不同外显子，以消除基因和mRNA的共线性。南京组织PCR检测技术技术服务

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