IP免疫沉淀实验原理
时间：2024年06月13日
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免疫沉淀技术的实验方法通常包括以下步骤：
1. 样本准备
2. 细胞裂解：使用裂解缓冲液（含有蛋白酶抑制剂以防止蛋白质降解）裂解细胞，释放蛋白质。
3. 蛋白质浓度测定：使用BCA、Bradford或Lowry等方法测定裂解液中蛋白质的浓度。
4. 抗体预处理：如果使用预固定的抗体，需先将抗体固定在固相支持物上，如琼脂糖珠或磁性微珠。
5. 免疫沉淀反应：将裂解液与特异性抗体（固定或未固定）混合，并在4°C下缓慢摇晃孵育过夜，以允许抗体与目标蛋白质充分结合。
6. 固相支持物的回收：对于未固定的抗体，加入与抗体特异性结合的蛋白A或蛋白G结合的固相支持物。
7. 洗涤：去除未结合的蛋白质和杂质，通常需要多次洗涤固相支持物。
8. 洗脱：使用适当的洗脱缓冲液（如加热的SDS加载缓冲液或酸性缓冲液）从固相支持物上洗脱免疫复合物。
9. 后续分析：对洗脱的蛋白质进行SDS-PAGE电泳、Western Blot、质谱分析等，以进一步分析目标蛋白质。
10. 对照实验：包括正对照（已知能沉淀目标蛋白的抗体）和负对照（非特异性抗体或无抗体）以验证实验的特异性。
免疫沉淀技术IP的优缺点是什么？IP免疫沉淀实验原理
ChIP实验的基本步骤包括：
1. 交联（Crosslinking）：细胞被甲醛等交联剂处理，使得蛋白质和DNA之间的相互作用被固定，形成稳定的蛋白质-DNA复合物。
2. 细胞裂解：裂解细胞，释放染色质，同时保持蛋白质-DNA复合物的完整性。
3. 超声或酶解：通过超声或酶解将染色质切割成较小的片段，以便于后续步骤中的免疫沉淀。
4. 免疫沉淀（Immunoprecipitation）：加入针对特定组蛋白修饰或转录因子的抗体，这些抗体会特异性地结合到目标蛋白质上。
5. 捕获复合物：使用蛋白A或蛋白G结合的珠子捕获抗体-蛋白质-DNA复合物。
6. 洗涤：洗涤珠子以去除未特异性结合的蛋白质和DNA片段。
7. 逆转录交联：将捕获的复合物从珠子上洗脱，并进行逆转录交联，使固定的蛋白质-DNA复合物分离。
8. DNA纯化：纯化从免疫沉淀中得到的DNA片段。
9. 分析：通过qPCR、芯片分析（ChIP-chip）或高通量测序（ChIP-seq）等方法分析沉淀的DNA片段，以确定特定蛋白质在基因组上的结合位点。
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RIP 技术的原理（RNA Binding Protein Immunoprecipitation Assay，RNA 结合蛋白免疫沉淀）主要是运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来，经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA 进行q-PCR验证或者测序分析。
RIP 是研究细胞内RNA 与蛋白结合情况的技术，是了解转录后调控网络动态过程的有力工具。RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀ChIP技术的类似应用，但由于研究对象是RNA-蛋白复合物而不是DNA-蛋白复合物，RIP实验的优化条件与ChIP实验不太相同，如：RIP反应体系中的试剂和抗体不能含有RNA酶，抗体需经RIP实验验证等等。
免疫沉淀纯化所得抗原纯度低一般有多种原因：
1. 非特异性蛋白污染
如果洗脱所得抗原纯度较低，则有几种方法可以进行优化。在结合或洗涤缓冲液中加入去污剂或其他可以降低非特异性结合的组分。使用普通微珠预纯化样本还可以降低非目标分子的共纯化。此外，还可以使用无关蛋白 (如BSA) 封闭微珠 。
2. 抗体污染
使用蛋白A、G或A/G的经典免疫沉淀实验中会出现抗体与抗原共洗脱的情况。如果共洗脱会影响下游分析，则需要使用抗体通过共价连接固定至微珠的方法进行实验，如Pierce 直接 IP 或交联 IP 的形式。
免疫沉淀抗体的选择？
免疫沉淀实验中磁珠还是琼脂糖珠的选择取决于客户实验情况。
琼脂糖珠海绵状的结构 (直径 50-150 μm) 可以结合抗体 (继而结合靶蛋白) ，它能够直接高效、快速结合抗体，而不需借助特殊的专业设备。琼脂糖珠呈多孔结构，这使得它们拥有更大的表面积可与蛋白质相互接触，具有更高的结合载量。
与琼脂糖珠不同，磁珠是固体，抗体的结合限于磁珠的表面。磁珠 (直径 1-4 μm) 明显小于琼脂糖珠 ，尽管磁珠没有多孔中心增加结合能力，但每体积的磁珠数量比琼脂糖珠多，使磁珠拥有足够的抗体结合表面积满足高容量的抗体结合。
简而言之，琼脂糖珠的结合能力较强，而磁珠在得率，可重复性以及自动化方面有明显的优势。
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免疫沉淀纯化所得抗原量低有多种原因，
A. 纯化所得抗原量低
1. 抗原结合水平低
IP 应用中出现低抗原结合水平的可能原因有很多，结合反应所使用的溶液是重要原因之一。必须使用适合的缓冲液，有特定的pH和盐浓度，可能还需要添加互作所需的辅助因子。IP 或Co-IP 中用于纯化的抗体是影响得率的另一个重要因素。如果抗体本身易失活或与抗原结合微弱，则可能很难找到足够温和的条件，即能产生结合，又能保证在孵育和洗涤过程中结合可以稳定保持。
2. 抗原洗脱水平低
在某些情况下，抗原与抗体或结合蛋白结合之间可能会发生极强的相互作用，传统的洗脱缓冲液无法将其破坏。如果需要使用温和洗脱缓冲液收集功能性抗原，则上述矛盾尤为突出。
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