浙江BD VDJ单细胞平台

针对单细胞测序的细胞数量判断环节：主要是对细胞数量、基因表达量、测序质量进行整体描述。过滤标准：由于细胞破碎后游离RNA会释放到环境或孔中，并且测序中也会存在一些死细胞，导致数据存在background值。因此，我们需要设定一定的标准来过滤掉假细胞或死细胞。以10×Genomics为例，细胞数量判断主要通过分析UMICounts-Barcode曲线斜率拐点，当存在多个斜率拐点的时候，结合预期UMI=500时的细胞数量进行过滤。当斜率拐点低于UMI=500的时候，选择UMI=500作为细胞的判断的标准；否则，选择和预期细胞数量接近的拐点作为细胞判断的位置。这样我们能够有效获得真实的并且在基因数量上可以分析的数据。烈冰生物为您提供一站式全流程高通量BD 单细胞测序服务。浙江BD VDJ单细胞平台

烈冰生物搭建近10台BDRhapsody平台，目前为全国范围内的高校、医院和研究所等单位的科研学者提供服务，BDRhapsody平台采用U型微孔板，1个板即对应1个样本（不混样的情况下），每个通道一般捕获细胞数在1000-10000个之间，而上限可捕获40000细胞时也能获得较低的双细胞率，此外，单个细胞捕获效率高达80%，可准确鉴别稀有细胞类型，有利于稀有样本或小细胞量类型样本研究；细胞可适性高，对细胞大小（直径超过40um细胞需要制备成细胞核）及类型无限制。细胞捕获周期较短，能够实现自动分离，且实验端捕获细胞过程全程可视化进行，保障每一例珍贵样本实验的成功进行，1天内可完成从细胞悬液到cDNA文库构建的所有的测序准备工作。江苏BD VDJ单细胞测序服务烈冰专注单细胞多组学测序领域。

根据烈冰多年单细胞测序服务经验，为什么不建议您一味的追求高细胞数量的捕获：单细胞测序所有的分析都是基于细胞聚类进行，而细胞聚类是在区分cell和non-cell后，获得细胞基因表达谱，通过降维（pca），无监督聚类以及可视化（t-SNE）得到的。进行细胞聚类时需要考虑到每个细胞的基因表达模式，因此即使是相同的数据，在剔除几个细胞的情况下，前后获得的聚类图也会出现明显不同。而当细胞捕获数过多时，无论是假阴性和假阳性数据还是多细胞数据，都会对正常细胞聚类产生影响，造成聚类结果失真。这也是很多文章，特别是很多高分文章，为什么单个样本捕获细胞数在2000-3000的原因了。烈冰建议单个样本捕获细胞数在3000-5000个时，数据量在100G左右时，可以满足分析和文章发表的多重需求。

您的珍贵样本，可以放心依赖烈冰生物BDRhapsody单细胞捕获系统，首先，该系统的技术原理是基于cyto-seq的微孔技术，因此不会因为样本细胞体积太大或悬液背景太杂等问题导致捕获通道的堵塞进而导致样本的损失；其次，BDRhapsodyTM单细胞捕获系统无电子元件，便于携带，当您的样本需及时实验时，我们可以“拎包上门”，快速的完成细胞捕获部分，不至于珍贵样本因细胞活性快速下降带来的损失；在这，BDRhapsody单细胞捕获系统对细胞数量包容性较好，细胞悬液上样量高达575ul，针对样本中细胞数量较少的组织类型，也能完成整个项目的细胞捕获工作。BD单细胞测序平台同时兼容单细胞蛋白组测序（Ab-seq）和免疫组库测序等工作。

关于单细胞测序实验样本制备，这与流式细胞术用户熟悉的步骤完全一致，也就是通过酶促或机械消化、细胞分选或其他细胞分离技术从整个样本中制备生成活的单细胞悬液。随后是细胞计数和质量控制步骤，以确保您的样本有适当浓度的活细胞，并且不含细胞团块和死细胞碎片。如有必要，您还可以使用抗体对样本进行染色，标记细胞表面蛋白或其他生物分析物，或者通过FACS来富集感兴趣的细胞类型。解离样本时采取的具体步骤将根据您的起始材料和实验目标而定。也许需要额外的制备步骤，具体取决于组织质量、样本丰度、细胞大小，以及是否需要提取出细胞核进行染色质可接近性分析。无论具体的考虑因素如何，所有样本类型都遵循同一个基本原则，那就是生成高质量的单细胞悬液。烈冰科技成立10余年，为科研学者提供专注的测序数据分析服务。合肥BD Rhapsody单细胞测序

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针对单细胞测序数据分析时的reads数、基因表达量及细胞数量判定过程中：以捕获5000个细胞、100G的测序量为标准，每个细胞的reads数大约在50k左右；每个细胞的基因中位数取决于样本的细胞类型，例如成熟的B，T，粒细胞数量较多的组织中，由于该类型细胞表达的基因数普遍较少，导致基因中位数下降。而某些疾病组织、或者体外培养的如干细胞等，他们的基因表达数较高，甚至可以超过1W，这就导致该类样本基因中位数非常高。因此，我们对细胞数量以及基因中位数确认时，需要考察实际组织的细胞组成。浙江BD VDJ单细胞平台

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