武汉高通量测序单细胞测序数据分析

截至2022年6月，烈冰生物助力发表单细胞文章近40篇，从平台应用比例来看，应用10X Genomics和BD Rhapsody两大平台发文比例各占50%左右，研究类型涵盖疾病发展，靶点探索，免疫研究，神经发育，干细胞分化，植物发育，退行病变，糖尿病，COVID-19等等研究；从发表期刊水平来看，烈冰生物联合发表的单细胞文章，CNS一区期刊占比在30%以上，其中包括immunity三篇，Nature子刊3篇（Nature cell biology,Nature Plants，Nature communication）,风湿类领域ARD期刊1篇，CUT 1篇，Advanced Science多篇，IF大于10分以上文章占比高达68.5%，烈冰专属单细胞测序服务团队，将与您携手谱写下一篇“高分”新文章。烈冰生物首批引进 Chromium X 平台，开启百万级通量单细胞测序新时代。武汉高通量测序单细胞测序数据分析

多样本数据合并：FractionofReadsKept：合并样本时，各样本根据MappedBarcodedReadsperCell数量计算出来的数据利用率。如果各样本间该参数值相差很大，需要进行Downsample处理，以数据量少的样本为基准将不同样本中细胞测序深度标化到同一水平，从而避免因测序深度差异导致的基因检测数量、基因表达水平的差异。烈冰科技自主研发的单细胞云平台致力于帮助每一位客户定制化分析数据，深度解读数据分析结果，深入挖掘其背后的生物学意义；从操作便捷、结果可视化、分析可追溯、系统稳定等方面助力单细胞研究，加速科研进程！西安高通量测序单细胞测序服务公司全线搭建10X Genomics Chromium X单细胞实验测序平台。

基于10XNextGEM技术，单细胞测序一次实验可以同时检测近万个细胞，可在一个样本中同时获3端mRNA表达谱、如需和免疫组库（TCR和BCR）的数据进行联合时，即某些研究还需结合基因的表达谱和V(D)J数据进行复杂组织样本的是影响免疫应答分析，监测免疫疗法的效果，研究疾病发生、发展的分子机制，可进行单细胞免疫组库测序：烈冰单细胞免疫组库平台具备：1000+项目经验，一次实验可同时获取1000-20000个细胞的文库构建，获得转录组和免疫组数据；具备完善的免疫组库测序和实验质控流程，获取V(D)J全长序列的配对信息；丰富的免疫组库测序和数据分析经验，实现专属个性化数据分析服务，搭配单细胞分析云平台，一键导出交互性的动态结果报告。

相对于Smart-Seq技术在细胞数量上的问题，10X平台普遍提供的细胞数量都在1000-20000不等的测序细胞量，这个量级的测序细胞量已经可以说能够完全覆盖绝大部分组织的SingleCell群体类型。因此，这两种技术对于基于基因表达进行准确细胞分型上，无论是从细胞数量上来说还是表达检测可靠性来说，都会更实用。同时依托RandomCellLabel技术，使得其对于NovaSeq、HiSeqXTen、Hiseq4000等设备存在的Indexhooping现象，相对于Smart-Seq数据来说，影响几乎可以忽略不计（10XGenomics官方网站曾给出hooping测试结果，显示无影响。单细胞测序平台，烈冰提供高性价比服务方案。

单细胞RNA-seq、RNA-seq和逆转录qPCR（RT-qPCR）都采用一个共同过程，即分离RNA并将其转化为cDNA进行分析。不过，每种分析在开展方式和获得的数据上有所不同。RNA-seq和RT-qPCR都是先从大量细胞中分离RNA，然后将其转化为cDNA。RNA-seq是使用cDNA来构建新一代测序文库，从而测定整个转录组的基因表达。RT-qPCR则是从cDNA中扩增特定靶点，并通过荧光测定表达水平。RT-qPCR限于已知靶点，而RNA-seq可实现无偏倚的全转录组基因表达分析。然而，这两者只能提供细胞群体内基因表达的平均情况。单细胞RNA-seq则在分离RNA之前将单细胞分离到微孔或单个微反应容器中。然后用细胞特异性的条形码标记RNA，确保来自每个细胞的cDNA可以追溯到起源细胞。与RNA-seq相似，带有条形码的cDNA也被用于构建新一代测序文库，从而能够对每个细胞的整个转录组进行基因表达测定。从样本处理到终端数据分析，只要您需要，烈冰提供全流程的无忧服务。成都10X Chromium X单细胞测序商业化服务

烈冰单细胞多组学测序助您探究细胞类型特异性和基因调控网络特征。武汉高通量测序单细胞测序数据分析

针对单细胞测序数据分析时的reads数、基因表达量及细胞数量判定过程中：以捕获5000个细胞、100G的测序量为标准，每个细胞的reads数大约在50k左右；每个细胞的基因中位数取决于样本的细胞类型，例如成熟的B，T，粒细胞数量较多的组织中，由于该类型细胞表达的基因数普遍较少，导致基因中位数下降。而某些疾病组织、或者体外培养的如干细胞等，他们的基因表达数较高，甚至可以超过1W，这就导致该类样本基因中位数非常高。因此，我们对细胞数量以及基因中位数确认时，需要考察实际组织的细胞组成。武汉高通量测序单细胞测序数据分析

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